电子商务给税收带来的挑战如下：
（1）对传统税收登记制度的挑战
根据现行《中国税收管理法》的规定从事生产和经营的纳税人税务登记必须在法定期限内依法办理。税务登记是税务机关实施税收管理和掌握税收来源的基本手段。对于税务机关和纳税人而言，它不仅是获得关系的基础，而且是建立法律关系的基础和证据。自电子商务诞生以来，它已经挑战了传统的税务注册方法。因为任何区域性计算机网络都可以连接到Internet，只要它在技术上实现Internet协议即可；支付一定注册费的任何公司都可以获取自己的域名并在线从事商业活动；拥有一台计算机，“猫”和电话线的任何人都可以通过Internet参与在线交易。当前的税务注册是基于工商注册的，注册后您只能从事贸易活动。对于Internet上的业务交易范围是无限的，并且无法在未经工商部门事先批准的情况下进行交易，因此无法针对电子交易流的交易对象确认这种传统的税务注册方法。这给识别纳税人造成了困难，导致税收损失。
（2）难以确定业务交易的地点和常设机构的位置
传统税收确认了常设机构的营业收入来源，即企业进行所有业务的固定地点活动或部分业务活动。常设机构可以分为由固定营业场所组成的常设机构和由业务代表组成的常设机构。无论哪个常设机构是有形实体。税收征管机构可以根据企业的常设机构确定纳税人。
由于电子商务的全球性，流动性和隐蔽性，交易变得更加复杂。除了在客户所在国家/地区拥有，租用或使用服务器外，外国网络提供商和供应商也不必在客户所在国家/地区维护其他形式的“有形存在”。如果外部网络提供商和卖方仅通过客户所在国家/地区的服务器进行业务活动，则当前常设机构的概念不能构成常设机构。而且，在许多情况下，外国供应商根本不需要拥有网站和服务器。它只需要与网络提供商达成协议，即可使用或租用服务提供商的服务器来进行自己的销售活动。由于这种交易不作为有形实体存在，因此税务机关无法根据当前的征税原则确定在何处进行交易，从而失去了征税基础。税务机关自然不能进行税收征管。
（3）电子商务机票和会计的无形化给传统的税收收集和管理带来了挑战
。传统的税收收集和管理模型基于各种票据和帐簿，同时实现了电子商务。无纸化经营，各种销售基础都是以电子形式，税收征管方式丢失的最直接的实物。同时，电子商务的速度，直接性，隐蔽性和保密性，不仅使税收的来源控制手段失效，而且客观上导致纳税人不遵守税法的可能性。另外，电子商务采用高科技交易手段，交易结果相对隐蔽。如果交易实体是无形的，则“电子货币”交易与匿名支付系统相关联，并且税务部门更难确定纳税人的身份和交易明细。 。
（4）电子商务的发展使国际避税变得更加容易
根据传统税制，国际避税是指纳税人使用某种非非法的方式来减少或逃避其跨国纳税人的行为。税收责任。纳税人常用的国际避税方法主要有以下几种：第一，通过纳税人的跨国流动进行国际避税；第二，通过税收对象（对象）跨国运动进行国际避税；第三，跨国投资故意薄弱
1996年，全球电子商务交易额为23亿美元，而1997年为150亿美元，1998年为500亿美元。根据专家的预测，到2002年，世界电子商务量可能会增加到3500亿至5000亿美元之间。
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