从“应税收入”中扣除而不是从“税额”中扣除。
如果（不考虑个人税的实际计算方法）：
的应税收入为990元，税率为10％。该人目前的应纳税额为99元。
现在，扣除500元：
（990-500）×10％= 49元
《个人所得税法实施条例》规定：个人通过中国的社会组织和国家机关将收入捐赠给教育事业和其他社会公益事业，严重的自然灾害和贫困地区。应纳税所得额的30％可以从应纳税所得额中扣除。
以下政策专门针对汶川地震：
1.个人通过预扣单位向灾区捐款。代扣代缴单位应当出示政府机构或者非营利组织颁发的简易捐赠证书，代扣代缴单位记录的个人捐赠时间表等。代扣代缴税款时，应依法扣除。
2.如果个人通过政府机构或非营利组织直接向受灾地区捐款，并通过预扣税款纳税，则捐赠者应出示由政府机构或非营利组织签发的捐赠证书及时组织到扣缴单位。单位代扣代缴税款时，依法扣除；个人自行申报纳税的，税务机关根据收到的政府机构或者非营利组织的捐赠款，依法予以抵扣。
3.扣缴单位向税务机关全面申报个人所得税时，还应提交政府机构或非营利组织及其单位发出的接受捐赠的收据（副本）每个纳税人的捐款总额和当期扣除的捐款金额。
第四，各级税务机关本着鼓励纳税人捐赠的精神，加强对捐赠扣除的管理，并通过各种媒体广泛宣传捐赠扣除的政策，方法和程序，以提供高质量的捐赠。为方便纳税服务。扣缴单位和纳税人的具体操作。
个人可以通过将收入捐赠给教育，扶贫和扶贫等公益慈善组织来减免个人所得税。捐赠金额不超过纳税人当期申报的个人所得税应纳税所得额的30％的部分，可以从应纳税所得额中扣除。
（一）居民个人的综合收入，是扣除每一万元纳税年度的收入后，应扣除其6万元的费用和特别扣除，特别附加扣除以及其他依法确定的扣除额后的应纳税所得额。
（2）对于非居民个人的工资和薪金，每月收入减去支出的余额$ 5,000为应纳税所得额；劳务收入，手稿收入，特许权使用费收入等每次收入金额均为应税收入。
（3）营业收入应为每个纳税年度的总收入减去成本，费用和损失后的应税收入。
（四）物业租赁收入，每次收入不超过4000元的，减收800元； 4000元及以上，减按20％，余额为应纳税所得额量。
（5）财产转让收入应为财产转让收入余额减去财产原值和合理费用后的应纳税所得额。
（6）利息，股息，股息和意外收入的收入应为每种收入的应税收入。
来自劳务报酬，手稿报酬和特许权使用费的收入是扣除收入的20％之后的收入。薪酬收入减少70％。
个人将其收入捐赠给教育，扶贫，扶贫等公益慈善机构。捐赠金额不超过纳税人申报的应税收入的30％。扣除：如果国务院规定对慈善事业的捐赠应完全扣除税前，则应遵守有关规定。
本条第1款第1款规定的特殊扣除包括居民基本养老保险，基本医疗保险，失业保险以及其他社会保险费和住房公积金。州;特别额外扣除包括儿童的教育，继续教育，重症医疗，住房贷款利息或住房租金，老年人抚养费等。具体范围，标准和实施步骤由国务院确定，并报告给国务院常务委员会。全国人民代表大会备案。
扩展配置文件：
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第19条的《个人所得税法》第19条是指将收入捐赠给教育等公共慈善机构的个人，减轻贫困和减轻贫困。将其收入捐赠给中国的非营利性社会组织和国家机关，以捐赠给慈善事业，例如教育，扶贫，扶贫；术语“应纳税所得额”是指扣除捐赠前的应纳税所得额。
第20条：在中国境内和境外获得的居民个人的综合收入和营业收入应分别计算应纳税额；来自中国境内和境外的其他收入，应分别计算应纳税额。