《中华人民共和国个人所得税法》第四条第七条规定，按照国家统一规定，支付给干部的安置费，辞职费，退休工资，退休工资和退休生活补助费。员工暂时免征个人所得税。上述单位一次性支付进口研究生的安置费。如果符合上述规定，则可以免征个人所得税。如果不符合上述规定，或者以“安置费用”的名义向职工支付收入，则由发行单位代扣代缴个人所得税，作为“工资收入”。
根据《个人所得税法实施条例》第40条（以下简称“实施条例”）：《税法》第9条第二款提到的特定产业是指采掘业，海洋运输，远洋捕鱼和国务院财政，其他行业由税务机关确定。
《实施条例》第41条规定：《税法》第9条第2款提到的税款计算方法是每年计算并按月预缴的，是指该条所列的具体项目本法规中的40行业从业人员的工资薪金应每月预缴。从年底起30天内，汇总全年的工资总额，然后以12个月为单位计算平均税额。，多退少退。
因此，海洋运输业的船员应向其工作的公司预扣并缴纳个人所得税，实行每月预付款，并在年底结清。