企事业单位代扣代缴个人所得税有两种情况：一是职工本人承担个人所得税，企事业单位仅承担代扣代缴义务。第二，企事业单位既要承担税收又要扣除支付义务。但是，无论哪种类型，个人所得税的会计处理方法都是相同的，即向雇员支付工资并预扣雇员应缴的个人所得税时，会进行以下会计分录：
借款：应付工资
贷款：应交税款-应交个人所得税当
实际申报并缴纳个人所得税时，将进行会计分录：
借：应纳税额-应交个人所得税
贷款：银行存款或现金
两者之间的差异主要体现在应付工资总额的差异上，也就是说，在相同的工资待遇下，当单位为个人纳税时，需要累计更多的应付工资。
个人所得税特别扣除，是指按照个人所得税法的规定，对子女的教育，继续教育，重症监护，住房贷款利息或房屋租金，老年人抚养费等6种特别扣除。
根据教育，医疗，住房，养老金等民生支出的变化，适时调整特殊额外扣除的范围和标准。
纳税人子女的全日制学费支出是按每个孩子每月1000元的标准费率扣除的。
教育包括义务教育（小学，初中教育），高中教育（普通高中，中等职业，技术教育），高等教育（大学，本科生，硕士，博士教育）。
年满3岁且在进入小学之前接受学前教育的儿童应遵守本条第1款的规定。
父母可以选择其中一个扣除100％的扣除标准，或者双方可以分别扣除50％的扣除标准。特定的扣除方法不能在纳税年度内更改。
第7条如果纳税人的子女在中国以外的地方接受教育，则纳税人应保留相关的学校教育文件，例如海外学校的录取通知书和出国留学签证，以供参考。
在学位（学位）教育期间，应按每月固定的400元人民币扣减纳税人在中国继续教育（学位）的支出。同一学位（学位）的继续教育的扣除期不能超过48个月。纳税人用于取得技术人员职业资格的继续教育和专业技术人员的继续教育的支出，应当在取得有关证明的当年，按固定费用3600元扣除。
受过技术人员和专业技术人员职业资格的继续教育的纳税人应保留相关证书和其他材料，以备将来参考。
纳税人产生的医疗费用可以由其本人或其配偶扣除；未成年子女的医疗费用可以由其父母之一扣除。纳税人，其配偶和未成年子女产生的医疗费用