通常的做法是，根据合伙企业股份转让当年的累计利润计算应缴所得税，然后从转让人应获得的利润或企业份额中扣除。
迄今为止，中国税法中没有明确规定如何向在合伙企业中转让股份的合伙人征税。但是实践中有三种方法。
（1）根据“财产转让收入”向合伙人征收所得税，从而可以在扣除税前扣除财产的原始价值和合理的支出。也就是说，根据当前的个人所得税政策，自然人合伙人以“财产转让收入”和20％的税率转移个人投资收入。
（2）根据一定比例的转移收入评估对合作伙伴的所得税征收（仅适用于外国注册企业和会计不健全且无法收取帐户的企业）。
根据国家税务总局关于印发《关于对个体企业和合伙人投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000] 91号）的通知，第7条规定：“企业应当按照国家有关规定建立没有设置帐簿；虽然企业设置了帐簿，但帐目混乱或成本数据，收入凭证和费用凭证不完整且难以核对，“按比例征收所得税。
扩展配置文件：
免费转让：
资产的自由转移是计划经济体制下资产存量流动的一种特殊现象。它通常发生在拥有相同所有权的国有企业之间，并且有计划的资产转移受到行政控制。根据《国有企业有偿固定资产试行办法》，在下列条件下的固定资产仍可免费分配：
由于管理体系和组织结构的调整，企业或部分企业的隶属关系发生了变化；
在进行产业重组时，企业之间的合并或分立，或生产车间的隶属关系的变更，以及企业之间对某些设备的调整；
支持新的工业基础，人员或组织变更以及设备转让；
经国家特别批准，免费分配。