贵公司可以申报3000元（贵公司支付的部分）
不是您公司的薪水，您公司不是预扣代理
一人两地所得的个人所得税，应由个人于明年向税务局报告。
分别计算税款。
1.《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第39条：如果纳税人有《税法》第二条所列的两项或两项以上的收入，应计算税款，单独计算。如果中国有两个或两个以上的地方根据《税法》第二条第1、2、3条获得了收入，则应将相同的收入合并计算税款。
2.第三十六条：纳税人有下列情形之一的，应当依照规定去主管税务机关备案纳税申报单：
（1）年收入超过人民币120,000元；
（2）从中国两个或两个以上地点领取工资的人；
（3）从中国境外获得；
（4）无需扣缴义务人即可取得应税收入的人；
（5）国务院规定的其他情形。年收入超过12万元的纳税人
应在年底后三个月内到主管税务机关申报纳税。纳税义务人的纳税申报地点和其他有关事项，由国务院税务部门管理。
因此，在两家公司中，工资收入必须针对应缴纳的个人所得税分别计算。
扩展数据
以下收入不属于工资性收入的征税范围：
（1）仅儿童津贴；
（2）育儿补贴；
（3）公务员薪金制度的执行不包括家庭成员的基本薪水补贴，津贴差额和副食品补贴；
（4）旅费津贴和伙食津贴；
（5）为海上运输人员提供食品费用补贴。
（6）获得的产妇津贴，产妇医疗费或其他津贴以及具有产妇保险性质的补贴免征个人所得税。但是，超出上述范围的津贴和补贴应与月薪和工资申报表结合起来缴纳个人所得税。
工资收入与劳务收入之间的差额：
独立劳动和独立劳动；雇佣关系和非雇佣关系。工资性收入是指非独立劳动，与单位有劳动关系。用外行的术语来说，从事工作的雇员的收入是根据工资和薪金的收入征税的。