当股东变更时，原始股东从股权转让中获得的收入大于投资成本即为财产转让收入，并按20％的税率征收个人所得税。如果申报的纳税计算基础明显较低（如平价和低价转让等）且没有正当理由，则主管税务机关可以参考每股或个人的净资产
个人股权转让的转让人是自然人股东，转让收益主要涉及个人所得税。根据“财产转让收入”项，适用20％的税率来计算个人所得税的征收。股权转让的个人所得税额的计算公式为：应付个人所得税=（股权转让所得-本金（原值）-合理支出）×20％。
由于合同实际上是均价甚至是低价的，税务机关将加强对股权转让收益的计税基础的评估和审查。判断股权转让行为是否符合独立交易的原则，是否符合合理的经济行为和实际情况。如果申报的计税依据明显较低（如平价，低价转让等），没有正当理由的，主管税务机关可以参照每股净资产或对应的净资产份额。个人股东享有的股权比例。
此外，股权转让合同（协议）应根据“产权转让文件”加征印花税，并应以所述金额的十分之一为基础。