如果这是公司工作性质所必需的体检费用，则不应征收个人医疗所得税；如果是具有福利待遇性质的体检费，则应将其纳入员工的当期工资和薪金收入中，并预扣和支付其个人所得税。
《国家税务总局关于企业扣除工资，薪金和职工薪酬的通知》（国税函〔2009〕3号）第三条《职工福利费……扣除职工医疗保健，居住，住房费用的规定》 ，运输等发放的各种补贴和非货币性福利，包括企业支付的商务差旅医疗费用，未实行医疗统筹的职工医疗费用，职工直系亲属医疗补贴，取暖补贴，中暑，凉费等。对于员工，员工困难补助，救济费，职工食堂经费补助，职工交通补助等。
因此，根据上述规定，贵公司应将员工的体检费用计入福利费用中。
对于这部分费用，应代扣代缴个人所得税。
《中华民国个人所得税法实施条例》
“（中华人民共和国国务院第519号法令，2008年第519号规定：《税法》第二条所述个人收入的范围：（1）工资收入工资是指个人的工作或工资，薪金，奖金，年终工资增加，劳动红利，津贴，补贴和与就业或就业相关的其他收入。
第10条规定，个人收入形式包括现金，实物，有价证券和其他形式的经济利益。如果是实物收入，应根据所得凭证上的价格计算应纳税所得额；没有凭证或者凭证上注明的价格明显偏低的，应当参照市场价格核定应纳税所得额。如果所得是有价证券，则应根据票面价值和市场价格核定应纳税所得额。如果收入是其他形式的经济利益，应税收入应参照市场价格确定。