通常的做法是，根据合伙企业股份转让当年的累计利润计算应缴所得税，然后从转让人应获得的利润或企业份额中扣除。
在税收的征收和管理方面，股权转让中的转让人为纳税人，而受让人为扣缴义务人。但是，最终的税费持有人应当按照股权转让合同的规定处理，未约定的应当依法处理。
根据《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008] 159号）文件：“合伙企业的生产经营收入和其他收入应“税前先分割”的原则。应税收入的计算依据《财税[2000] 91号》和《财政部，国家税务总局关于个人和合伙企业个人所得税征收的规定》。私有企业和个人合伙企业的调整研究执行《关于所得税扣除标准有关问题的通知》（财税[2008] 65号）的有关规定。
前段所述的生产经营收入和其他收入包括合伙企业分配给所有合伙人的收入以及企业当年保留的收入（利润）。”
1.根据“财产转移收入”项目。 2.税率20％。股权转让个人所得税的计算公式1.应纳税所得额=转让过程中发生的财产转让所得-财产原价合理费用2.应纳税所得额=应税所得×20％根据《国家税务总局关于加强股权转让所得取得个人所得税管理的通知》（国税函〔2009〕285号）1.加强考核和审查股权转让收入的计税依据遵守独立交易的原则3.参考每股净资产或对应于个人股东所占权益比例的净资产份额，核实个人股权交易的交易方是否负责签署股权转让变更股权登记前，约定并完成股权转让交易。纳税义务或预扣税义务的转让人或受让人，应当到主管税务机关办理纳税（预扣）申报，并持有税务机关签发的个人所得税凭单，免税或免税证明。个人所得税的支付，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。税务机关应加强对股权转让收益计税基础的评估和审查。应仔细审查扣缴义务人或纳税人申报的股权转让收入的有关信息，以确定股权转让行为是否符合独立交易的原则，是否符合合理的经济行为和实际条件。如果申报的纳税计算基础明显低（如平价，低价转让等），没有正当理由的，主管税务机关可以参照每股净资产或与之相对应的净资产份额。个人股东享有的股权比例。（1）如果有下列情形之一的个人股东转让股权，地方主管税务机关可以采用批准的方法征收个人所得税：1.股权转让价格低于初始投资成本或购买股权支付的价格2.股权转让价格3.在相同或相似的条件下，低于相同或近似相同投资公司其他股东的股权转让价格。3.股权转让收益率低于同期的银行存款利率4转让价格低于个人股东应享有的投资公司所有权5.股东的股权份额5.具有重大影响力的个人股东转让公司的股权，并且公司的土地使用权和建筑物占资产的30％以上。 6.转移收入包括难以估价的非货币资产或其他经济利益7.如果纳税人在收到地方主管税务机关的通知后仍拒绝申报（2）根据个人股权转让的不同情况，地方税务主管机关可以选择以下方式核实个人所得税的征收情况所得税（但价格明显较低）2.净资产评估份额3。按权益法转让的账面权益份额4.同期定期银行存款的利率5.当地主管税务机关认为合理的其他方法。