专利经济补偿所得应缴纳个人所得税。
取得专利权经济补偿收入的个人应按照“特许权收入”项目缴纳个人所得税，该税款应由支付补偿的单位或个人代扣代缴。
根据《国家税务总局关于获得专利补偿收入的个人征收个人所得税问题的批复》（国税函〔2000〕257号），应以“个人所得税”为依据。“应税物品要缴纳个人所得税。