（1）对于符合独立交易原则的成本分摊协议，相关税收处理方法如下：
（1）企业根据协议分配的成本应在协议规定的每项税项之前扣除；
（2）如果涉及赔偿调整，则应纳税所得额应计入赔偿调整年度；
（3）涉及无形资产的成本分摊协议，以及在增加付款，撤回补偿或终止协议时协议成果的分配，应按照有关资产购置或处置的有关规定处理。 。
（2）企业及其关联方签署了费用分摊协议。发生下列情况之一的，其自身的费用分摊费用不得在税前扣除：
（1）没有合理的商业目的和经济实质；
（2）不符合独立交易的原则；
（3）不遵循成本与收益相匹配的原则；
（4）没有按照本办法的有关规定记录，准备，保存和提供相同期间的有关费用分摊协议；
（5）自签署费用分摊协议之日起，经营期限少于20年。
国家税务总局在《专项税收调整管理办法》（以下简称《办法》）第七章中，明确规定了企业成本分摊协议的管理。
使用费用分摊协议节省税费
《办法》规定，企业和关联企业共同开发和转让无形资产，或者共同提供和接受劳务时，应当遵守费用分摊协议管理规定。《企业所得税法》已经规定了成本分摊协议的管理，即成本分摊协议应符合独立交易的原则和符合预期利益的成本原则。纳税人应当在税务机关规定的期限内提交有关材料，或者税务机关应当按照税务机关的要求，在计算应纳税所得额时不扣除其摊派费用。
成本分摊协议在国际税收中并不是一个新概念，但是在中国的立法实践中早就应该这样做了。尽管国家税务总局在特殊情况下曾批准个别企业集团可以在成员之间分担共同利益的成本，但从未详细说明成本分摊协议的管理。对于纳税人而言，颁布成本分摊协议管理规定具有重要意义。签订良好的成本分摊协议的企业可以节省税收支出并避免税收风险。
根据《国家税务总局关于完善同期信息管理工作相关报告及有关问题的公告》第16条（国家税务总局2016年第42号公告）：“关于成本分摊协议特殊事项的文件包括以下内容：
（1）费用分摊协议的副本。
（2）各方之间为实施成本分摊协议而达成的其他协议。
（3）非参与者使用协议的结果，付款的金额和形式以及各方之间的付款分配。
（4）参加者参加或退出本年度的费用分摊协议，包括参加者或退出者的姓名，国家/地区和关联关系，以及补偿或退出补偿的金额和形式。
（5）费用分摊协议的更改或终止，包括更改或终止的原因以及协议成果的处理或分发。
（6）根据今年的费用分摊协议产生的总费用和费用构成。
（7）今年各方的成本分配，包括成本支付的金额，形式和对象，以及支付或接受补偿款项的数量，形式和对象。
（8）协议的预期收入和实际收入之间的比较以及由此做出的调整。
（9）预期收益的计算，包括度量参数的选择，计算方法和变动原因。”