如果分支机构是独立核算的，则分支机构的员工工资也应由分支机构本身支付。即使总公司想要控制它，也只能将其从分支机构转移到总公司，然后总公司可以将其发送给单个员工。无论如何，雇员的工资和奖金由分支机构支付，因此分支机构应申报个人所得税。