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一般反避税调查是一项行政执法行为，税务机关利用税务检查权对涉嫌避税的纳税人进行纳税检查，是税收管理的重要税收手段。
税务机关可以通过以下避税安排对企业发起全面的反避税调查：
1.滥用税收优惠；
2.滥用税收协定；
3.滥用公司组织形式；
4.使用避税天堂避税；
5.其他没有合理商业目的的安排。
根据上述职责，国家税务总局拥有13个内部机构（总干事级）：
（1）办公室
负责组织在文档，机密性，会议事务，档案，信件和访问，机密性和安全性方面的工作；进行税收宣传，政务公开和新闻发布；管理组织的财务和其他行政事务。
（2）政策法规部
起草税收法律法规，部门规章和法规文件；研究并提出税收改革建议；制定税收业务规章制度；研究和承担与世贸组织有关的税收事务；承担重大税收案件和行政处罚;进行有关监管文件的合法性审查；承担税务行政复议和行政诉讼。
（3）货物和服务税司
组织增值税，消费税，营业税，车辆购置税（不包括海关征收的税）的征收和管理，并组织实施出口退税管理。
（4）所得税部
根据法律和法规的要求，组织并实施公司所得税，个人所得税和资金（费用）的收取和管理。
（V）财产和营业税部
组织实施财产税和行为税以及教育附加费的税收业务管理，并指导财产税和行为税与教育附加费的收集和管理。
（VI）国际税务部
研究并制定国家（地区）之间的反避税措施，组织和实施反避税调查；参加国家（地区）之间税收协定和协定的谈判，进行有关协定，协定等的起草和执行；与国际机构和国家进行税务机关之间的（区域）合作交流业务；国家税务总局和国家税务系统的外交事务管理。
（VII）收入计划和会计部
制定中长期税收计划，年度税收任务，出口退税指标；参与起草税收征管制度，监督和检查税收征管制度；进行税收分析，预测和主要税收来源监督和管理工作；制定税收筹划，税收核算，统计等有关制度；管理税收数据；组织和实施税收统计。
（8）税务服务部
组织实施税收服务体系建设；制定税务服务服务规范和操作程序；组织协调，实施纳税咨询，咨询服务，税收法律救济等，接受纳税人投诉；组织实施税收抵免制度建设；指导税收调解纠纷；拟定注册税务代理人的管理政策并监督其实施。
（9）征税管理和技术开发部（大型企业税收管理部）
全面征税和管理规范性文件草案；制定税收筹划管理的长期规划和综合计划；管理税务发票和机票；制定和组织实施税收管理信息化的总体计划和实施计划，并承担税收管理信息施工过程中对业务的综合管理需要整合和流程优化；承担大型企业的纳税服务，实行税源监督管理，开展税收评估，组织实施反避税调查和审计。指导海上石油税收业务。
（X）审计局
起草税收审计法律法规，部门规章和监管文件；处理重大税案，备案立案调查，并提出处理意见；指导和协调税收制度审计工作。
（11）财务管理部
制定国家税制的财务和基础设施管理措施；管理国家税收系统的资金，财务，设备和固定资产；审查并编制国家税收系统的财务预算和决算；处理各种资金的分配。
（12）内部审计部检查员
组织对税收法律法规，部门规章和监管文件执行情况的监督检查；承担国家税务系统的财政，基础设施建设，大宗商品采购和领导干部经济责任审计工作。
（XIII）人事部
准备并实施国家税制的人事制度；管理国家税务系统的人员和组织，就省税务局的任命和罢免提供建议；组织实施税制思想政治工作和精神文明建设。
组织实施全面的税收征管法律法规，部门规章和规范性文件，制定具体的经营方法；研究并提出有关专业税收征管和完善税收征管程序的建议；组织并实施税收征管数据的综合管理和应用方法税收评估办法，进行税收征管质量评估，风险管理和税收征管因素分析；进行税务登记，纳税申报，一般发票管理，税控设备推广应用；组织和实施个人和贸易市场的税收收集和管理管理员系统。组织实施税收管理信息化建设计划，方案和制度；组织系统的信息技术系统建设和监督验收；组织系统的信息安全管理，组织信息安全检查和评估；承担税收管理信息化建设项目的建立和业务需求资金管理，资金管理等；组织税收管理信息系统运行中技术安全管理体系的建设，监督检查。
地址：江苏省南京市中山北路55号
（8）财务管理处
制定财务管理，基本建设管理等；审查并编制部门预算和决算；组织实施会计和基本会计准则，分析和评估税收成本；组织实施国库集中支付，处理具体的支付事项；组织实施系统资产的获取，拥有，使用，处置，清理等；组织实施基本建设项目制度的建立，项目核准，会计核算，工程监理，项目竣工结算审查，财务决算审查和财务决算审查；承办礼服管理;协助实施财务管理，基本建设项目，大宗商品采购审计和领导干部经济责任审计。
组织实施政府采购法规，制定具体的实施措施和操作程序；制定年度采购计划，处理具体的采购事项；规范该系统的政府采购业务管理，并预防和解决采购风险。
负责人：冯义江
（9）人事办公室
组织实施干部人事制度和税务人才队伍建设计划，制定具体实施计划；进行人员，组织机构，公务员管理和工资管理；承担下级领导班子，领导干部和后备干部的管理和考核工作并监督其他工作；监督检查系统干部人事规定的执行情况；处理国外的政治审查事宜。
负责人：朱建国
（10）检查工作办公室
组织实施检查工作制度，制定具体的实施措施；制定检查工作计划，组织开展检查工作；监督检查下级领导干部政治纪律，组织纪律，群众工作纪律的执行情况以及党风廉政建设的情况干部监督工作联席会议领导小组的执行，协调和监督工作已商定并决定了事项。
负责人：叶经纬
（11）教育部门（思想政治工作办公室）
制定和组织人员培训，教育管理系统，工作计划和年度计划的实施；组织培训质量评估和评价；承担教育培训项目的开发和管理；承担培训机构的教育培训经费管理和业务管理工作；指导和检查系统的教育培训工作；组织实施思想政治工作，精神文明建设，税收文化建设和基层建设。指导系统的党建工作。
负责人：胡善清
（12）监督处
负责组织纪律检查和行政监督工作制度的实施，制定纪律检查和监督工作的规章制度；监督党的路线政策的执行情况以及对国家法律法规和部门规章制度的遵守情况；监督和检查全系统各级领导及其成员，维护党的纪律，实行民主集中制，选拔干部，实行党风廉政建设，实行诚实勤勉的行政管理；组织协调党风廉政建设和反腐败工作工作;接受关于违反该系统工作人员的法律和纪律的报告，指控和相关的投诉；调查和处理违反法律和纪律的案件以及该系统工作人员的其他重要案件；开展执法监督和整改工作；接受机构的纪律检查和监督。
负责人：陈洪进
（十三）大型企业和国际税收管理局
指导，协调和检查国家（地区）之间有关税收法律法规和税收协定与协议（安排）的执行情况；组织，协调和检查跨境税收来源的管理；组织和实施特殊税收调整，解释和处理特定业务问题；组织实施非居民企业所得税政策和征收管理制度，处理国家（地区）之间的有关税收事项；组织实施“走出去”企业服务管理；管理机构和系统外交事务。