全国个人所得税的计算方法是相同的。[（工资总额-免税收入-可扣除额）-3500]×适用税率-快速计算扣除额=应纳税额
关于扣除个人所得税中的保险公积金：
《财政部和国家税务总局关于基本养老保险，基本医疗保险，失业保险和住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]第10号）：企事业单位受州或省（自治区，（政府直辖市）人民政府实际支付的缴费率或基本养老保险，基本医疗保险和失业保险费免征个人所得税；根据国家或省（自治区，直辖市）人民政府指定的付款方式向个人付款或者，允许从实际应纳税所得额中扣除实际支付的基本养老保险费，基本医疗保险费和失业保险费。超过规定比例和标准缴纳基本养老保险费，基本医疗保险费和失业保险费的企业，事业单位和个人，应当将其超出部分计入当期工资和薪金收入，并计算个人所得税。根据《中国人民银行财政部住房公积金管理规定》和《关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》（关建金[2005] 5号），单位个人不得超过雇员本人。在一年平均月薪的12％范围内，允许从个人应税收入中扣除实际支付的住房公积金。单位和个人从业人员缴纳住房公积金的月平均工资，不得超过其工作所在城市上年从业人员月平均工资的三倍，并按照有关规定执行具体标准。各地的有关规定。超过上述规定比例和标准的单位和个人缴纳的住房公积金，应当将其计入个人当期工资和工资性收入，并缴纳个人所得税。
在公司所得税中扣除保险和公积金：
根据《中华人民共和国企业所得税法实施细则》（中华人民共和国国务院第512号法令）第35条的规定，企业应遵循国务院有关主管部门或省人民政府规定的范围和标准为允许扣除员工支付的基本社会保险费和住房公积金，例如基本养老保险费，基本医疗保险费，失业保险费，工伤保险费和生育保险费。
“财政部国家税务总局关于与企业所得税政策问题有关的补充养老保险补充和医疗保险费的通知”计算不超过职工工资总额5％的部分的应纳税所得额时，应扣减全部用人单位缴纳的补充养老保险费和补充医疗保险费；超出部分不得扣除。