计算公司所得税时可以扣除土地增值税，但是计算土地税时不能扣除公司所得税
《税收管理法》规定，纳税人发现税款后，应立即缴纳应纳税额；如果纳税人在缴纳税款之日起三年内找到纳税人，可以要求税务机关退还多缴的税款此外，还会添加银行同期的存款利息，税务机关应及时核对后立即归还。从库房退还的库房，应按照有关库房管理规定归还。退税的具体程序为：（一）企业向主管税务机关一式三份领取《退税申请表》，并按要求填写。 （二）将《退税申请表》提交主管税务机关审核； （3）由主管税务机关提交县级以上税务机关批准； （四）批准文件退还给主管税务机关和纳税企业； （5）主管税务机关根据批准的“退税申请表”填写“退税申请表”之后，到库房进行审查并退回。企业应注意所得税的退还：（1）退还预缴所得税不增加同期银行存款利息； （2）当企业既有退税款又有欠税款时，税务机关一般会从该企业扣除退税款余额将在未付税款后退还。