污水处理企业不缴纳增值税，营业税，企业所得税按规定税率缴纳。2007年《新企业所得税法》第27条规定，从事环保，节能，节水项目的企业收入可以免征或减少。实施细则明确规定，从事公共污水处理，公共废物处理，沼气综合开发利用，节能减排技术改造，海水淡化等项目的企业，从纳税年度起计收入。获得项目的第一笔生产和经营收入。三个豁免和三个一半。
从事合格的环境保护，节能和节水项目的收入可以免征或减少企业所得税。
根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院第512号令），其中提到了合格的环境保护和节能措施企业所得税法第二十七条第三款节水项目，包括公共污水处理，公共废物处理，沼气综合开发利用，节能减排技术改造，海水淡化等。项目的具体条件和范围，由国务院财税部门与国务院有关部门协商制定，并报国务院批准后公布实施。
从事前款规定的合格的环境保护，节能和节水项目的企业的收入，从该项目获得的纳税年度的第一年到第三年免征企业所得税。第一生产经营收入。企业所得税将从四年减半至第六年。
根据财政部和国家税务总局《关于污水处理费增值税政策的通知》（财税[2001] 97号）：根据国务院《关于加强城市供水和节约用水的通知》与水污染防治”（郭发[[2000]第36号），免征各级政府和主管部门委托的供水（公司）的污水处理费。《增值税专用发票使用规定》第四条规定，免税品销售不得开具增值税专用发票。因此，供水公司在收取污水处理费时不能开具增值税专用发票。在这方面，一些地方税务机关做出了明确规定。正如《湖南省国家税务总局关于转发财政部和国家税务总局关于转发污水处理费增值税政策的通知》（湘财水[2001] 37号）， “税收（公司）应与污水处理费一起收取污水处理费，开具国家税务总局出具的普通发票；无论买卖双方是否是增值税一般纳税人，在收取污水处理费时均不得开具增值税专用发票。 ”
污水处理业务属于增值税应税项目，但根据财税[2008] 156号文件，符合标准的污水处理服务免征增值税。相应地，免征增值税项目的进项税额也不能扣除。
污水处理费是根据补偿排污管道和污水处理设施的运营和维护成本并合理获利的原则批准的。污水处理费的税种，是从事符合条件的环境保护项目的收入。自获得项目第一笔生产经营收入的纳税年度起，从第一年至第三年，第四年至第六年免征企业所得税公司所得税每年减半。污水处理费通行者与付款人具有合同关系或委托关系。
通常，污水处理费包含在水费中。水费包括基本水费，城市附加费，水资源费，污水处理费，南水北调资金，水厂建设费和省专项费。（组成根据省市收费而有所不同）
同时根据《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令2008年第538号）
第10条规定，用于免征增值税的商品或应税服务的购买进项税，不应从销项税中扣除。