对于2002年以后成立的公司，应在国民税中缴纳所得税。
您可能属于以前经营营业税项的混合税收企业，现在加入了增值税业务项。这类业务确实很难管理，而且很难从财务上加以区分，尤其是成本。您可以考虑哪一方是主要税种，然后决定取消另一方的注册。
这是人为的，没有没有可能解决的问题。
《国家税务总局关于调整新增企业所得税征收和管理范围的通知》（国税发〔2008〕120号）。
1.基本规定
以2008年为基准年，由国家税务局和地方税务局管理的企业所得税纳税人将在2008年底之前不进行调整。自2009年以来新增的企业所得税纳税人中，企业所得税由应征增值税的企业管理，企业所得税由地方税务局对应征营业税的企业进行管理。
2.有关特定问题的规定
（4）同时缴纳增值税和营业税的企业，原则上应根据其在税务登记期间申报的主营业务应缴纳的营业税，确定税收的征收和管理方式；一般而言，以工商登记中规定的第一项业务为准；一经确定，原则上不得调整。
贵公司属于同时缴纳增值税和营业税的企业，原则上根据税收登记过程中自行申报的主营业务应缴纳的营业税来确定征收和管理税的归属；，通常以工商注册中指定的第一项业务为准。即：第一笔业务属于地方法人所得税征收的营业税；第一项业务是由国家征收的企业所得税缴纳增值税。
国税：
增值税，一般纳税人的增值税率为17％，
应交税费=销项税-进项税
小型纳税人，增值税征收率为3％
应付税费=销售额*增值税征收率3％
公司所得税：
根据现行的《中华人民共和国企业所得税法》。企业所得税税率为25％。对于合格的小规模盈利企业，经主管税务机关批准，企业所得税税率降低20％。
征收公司所得税有两种方式，一种是审计征收，另一种是经批准的征收；
1.对于税收，应缴纳的企业所得税=应税收入*适用税率（25％）
应税收入=收入成本（费用）税+营业外收入-营业外支出+（-）税额调整
2.如果批准收取，则应缴纳的企业所得税=应纳税所得额*所得税率*适用税率。
地方税：
城市维护建设税：根据增值税额和规定的税率计算和缴纳。城市维护建设税以纳税人实际缴纳的增值税，消费税和营业税为基础，并与增值税，消费税和营业税同时缴纳。
城市维护和建筑税税率如下：
如果纳税人位于市区，则税率为7％；
如果纳税人位于县或镇，则税率为5％；
如果纳税人不在市区，县城或城镇内，则税率为1％。
教育附加费：根据纳税人实际缴纳的增值税，消费税和营业税，税款将与增值税，消费税和营业税一并缴纳。适用税率为3％。