最终结算后预付的企业所得税在税务局的三阶段系统中反映为“可抵扣和可退还金额”。如果金额较小，那么通常会抵消下一个期间的应付所得税；如果金额较大，它不太可能影响纳税人的资本营业额或当期，其后的期间应少于公司所得税，并且可以申请退税。
《国家税务总局关于印发〈跨地区营业税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）规定，现场预缴是指总公司和分支机构应遵循根据本办法的规定，企业所得税的预缴款应每月或每季度向当地主管税务机关申报。
根据国税函[2010] 156号《关于跨区域建筑企业所得税征收管理有关问题的通知》：由建筑企业总部直接管理的跨区域项目部门以0.2为基础。项目实际营业收入的百分比总公司或每季度按季度将公司所得税预分配给项目所在地，项目部门应提前向当地主管税务机关缴纳。
建筑企业总公司应按照下列方法计算企业应缴纳的所得税总额并预缴：
（1）如果总部只有一个跨地区的项目部门，则在扣除项目部门预付的企业所得税后，将根据其余额当场支付；
（2）总部只有两个分支机构的，应按照国税发[2008] 28号的规定计算总部和分支机构的应纳税额；
（3）如果总公司既有跨地区项目部门直接管理，又有跨地区二级分支机构，则应先扣除项目部门预缴的企业所得税，然后按照国税[2008] 28号文件编号规定了总公司和分支机构应缴税款的计算方式。
文件进一步规定，建筑企业总部应按有关规定办理企业所得税的年度结算和清算，分支机构和项目部门不得进行结算。当总部的年终最终所得税的支付额少于预付税额时，总部的税务机关应对退税额进行处理或扣除下一年应缴纳的企业所得税。