沪港通的交易佣金与普通A股的交易佣金不同：沪港通的交易佣金一般为扣除交易所各种费用后的净佣金，普通A股为佣金是包括代表代理商收取的交换费在内的佣金。因此，交易后，除了要按固定比例计算销售部门收取的佣金外，还必须一一计算香港联交所的各种费用，以便最终计算交易成本。这种计算上的困难确实困扰了许多投资者，并使许多投资者发疯。
根据中国证券监督管理委员会的规定，获得沪港通许可的个人投资者必须符合严格条件，即所持证券的总市值和基金余额开户金额不少于50万元。根据中登公司的数据，截至9月底，共有A股流通账户5173.2万户，其中市值50万元以上的970.7万户，占比近20％。换句话说，符合开放港股通条件的投资者数目不少。
来自利息，股息和股息的收入应按20％的比例税率缴税。
港股通的交易成本高于A股。