根据国家税务总局《关于调整新增企业所得税征收和管理范围的通知》（国税发〔2008〕120号）第二条，有关具体问题的规定：增值税和营业税都是原则上征收管理的归类根据税务登记时公告的主营业务应缴纳的营业税确定;企业税务登记时不能确定主要业务的，以工商登记所规定的第一项业务为准;一旦确定，原则没有更多的调整。
因为您公司的主要业务是销售，所以主要的流转税是增值税，因此公司所得税应以国民税支付。
《国家税务总局关于调整新增企业所得税征收和管理范围的通知》国税发〔2008〕120号规定：
第二，关于某些特定问题的规定：
（4）同时缴纳增值税和营业税的企业，原则上应根据其在税务登记期间申报的主营业务应缴纳的营业税，确定税收的征收和管理方式；一般而言，以工商登记中规定的第一项业务为准；一经确定，原则上不得调整。
根据本文件的解释，对于混合商业企业的征收和管理的归属问题，原则上，同时缴纳增值税和营业税的企业应根据税收协定确定征收和管理。主营业务在纳税登记中申报的应缴纳的营业税归因;税务登记时不能确定主要业务的，以工商登记中规定的第一项业务为准；确定后，原则上不得调整。即：税务登记流转税要优于工商登记，以工商登记中规定的第一项业务为准。因此，税务登记流转税要优于工商登记。工商登记中规定的第一项业务为准。地方税要求您公司的公司所得税适用于地方税申报。根据国税发〔2008〕120号文件的规定，贵公司应向地方税务部门报告已缴纳公司所得税，但是由于您的公司已向国家税务申报表缴纳了公司所得税，因此，为解决这一矛盾，您的公司应要求国家税款协商解决。在和解之前，您的公司仍要在国家税中申报并支付公司所得税。
关于加强企业所得税预缴的通知
省，自治区，中央直辖市以及计划分立的城市的国家税务局和地方税务局：
1.根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施规定，应按月或季度实际利润预缴企业所得税；如果难以按月或季度的实际利润预付款，根据上一个纳税年度的月度或季度应纳税所得额的平均值或根据税务机关批准的其他方法预先付款。为了确保及时存入税款，各级税务机关原则上应按照预缴实际利润的方法，对纳入地方重点税源管理的企业征收企业所得税。
其次，各级税务机关应根据企业所得税的预付款和最终结算情况，迅速检查当年企业所得税在应纳税企业所得税中所占的比例是否过低由于某些原因，请调整预付款方式或预付款税。
第三，各级税务机关必须处理公司所得税的预付款与缴纳和存储税款之间的关系。原则上，各地的企业所得税的年度预缴额占当年企业所得税的缴纳额（预缴数字+结算付款）应不少于70％。
第四，各级税务机关应进一步加强监督管理。未按规定申报预缴企业所得税的，依照《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则的有关规定处理。
第五，加强企业所得税的预付是税收征管的重要任务。各级税务机关要高度重视，认真部署，认真组织实施。国家税务总局将适时组织监督检查，并汇报此项工作的实施情况。
国家税务总局
2009年1月20日