如果采用实际报销的形式，则无需计入工资，而必须计入固定金额或现金支付。
如果使用运输费发票进行报销，则无需缴纳个人所得税；如果将运输费补贴与工资表合并为应付工资，则计算个人所得税。
根据国税函[2009] 3号文件的规定，“为职工的医疗，生活，住房，交通等提供的补助和非货币性福利，包括企业为非职工支付的医疗费用。当地医疗制定职工医疗费用，职工直系亲属医疗津贴，取暖费，中暑，降温费，职工困难补助，救济费，职工食堂经费补助，职工交通补助等总体计划。作为企业员工福利支出。
如果实际报告并报销了通讯费，则可以将其包含在管理费中，并在税前扣除。如果直接发放通讯费补贴，则应将其视为员工福利费。
根据国税函2009年第3期
3.关于扣除员工福利
《实施条例》第四十条规定的企业雇员福利费包括：
（1）尚未执行单独社会职能的企业，其福利部门需要承担设备，设施和人员成本，包括员工食堂，员工浴室，美发室，医疗室，托儿所，疗养院等该部门的设备，设施和维护成本，以及福利部门员工的工资，社会保险费，住房公积金和人工成本。
（2）为员工的医疗保健，生活，住房，交通等提供的各种补贴和非金钱利益，包括企业为从国外出差给员工的医疗费用以及为员工支付的医疗费用。尚未实施医疗统筹的员工1.医疗补助，取暖补助，防暑降温补助，职工艰苦补助，救助补助，职工食堂费补助，职工交通补助等。
（3）根据其他规定产生的其他员工福利支出，包括fun葬补贴，退休金，安置费，家庭旅行支出等。
因此，所发放的运输补贴应记为员工福利费，可以在员工应付工资的14％之内扣除，超出部分应缴纳企业所得税。
个人意见仅供参考