是的，只要雇员的月工资收入超过3500元，就应缴纳个人所得税。它与单位支付工资的方式无关。该单位将保留它。
根据《工资支付暂行条例》
第15条用人单位不得扣除劳动者的工资。在下列情况之一中，雇主可以扣留劳动者的工资：
（1）雇主代扣代缴的个人所得税；
（2）用人单位代扣并支付应由工人个人承担的各种社会保险费用；
（3）代扣代缴法院判决和裁定所需的a养费和a养费；
（4）可以从法律法规规定的工人工资中扣除的其他费用。
如果再次开出回扣金额，则对于直接抵消付款形式的回扣，在开具发票后产生的回扣费，或者需要在期后澄清回扣金额，销售方应根据给买方的主管税务机关发出“开具出口发票或要求提供折扣证明”以开具红色发票以抵消收入，并相应减少营业税额。
支付销售回扣：
退税方退出购买或获得折扣证书，并开具红色价值的折扣增值税发票。
借款：主营业务收入
应付税款-应付增值税（销项税）
贷款：银行存款
收到的销售回扣：
收到退税方后，拿着由税务局证明的红色字母打折增值税发票，以抵消进项税。
借：银行存款
应付税款应缴增值税（转出的进项税额）（红色字母）
贷款：其他业务收入（或库存商品）
1.公司是分销商，并收到制造商支付的现金回扣。该公司开具了现金收据，没有发票。公司应如何处理收到的现金返还的账目？
税收有特殊规定，即折扣，应扣除进项税。
借：现金
贷款：库存商品
应付税款-应付增值税（进项税额转出）
2.购物中心收取的回扣和管理费。各方在处理货币账户时，无论是收到货币资产还是实物资产，都应在当期扣除当期进项税。会计处理：
1.收到回扣时：
借：银行存款（库存商品等）
贷款：其他业务收入
如果您收到货物并获得了另一方签发的增值税专用发票，则还应从应付税款中扣除应付税款（进项税）；
2.根据规定转出的进项税额：
借款：其他业务费用
贷款：应付税款-应付增值税（进项税额转出）
销售回扣公式：
当期可抵扣的进项税费=当期获得的返还资金/（1+适用于所购商品的增值税率）×适用于所购商品的增值税率
当期获得的退款/（1 +适用于所购买商品的增值税率）-退还的金额实际上是含税价格，转换为不含税价格，然后转换为适用于所购商品的增值税率=当前进项税额扣除
实际上是含税价格和不含税价格的问题。