1.如果收入直接由常驻机构支付，则其雇员的个人所得税应由常驻机构代扣代缴，其纳税地点应为常驻机构所在地的税务机关。
2.如果总部转移到居民代理机构，然后居民代理机构将收入支付给员工，则员工的个人所得税由居民代理机构代扣并支付，其纳税地点为税收常驻机构所在的机构。
3.如果总部直接向雇员缴纳个人所得税，但未反映在常驻办事处的收入，则应在总部本地缴纳雇员的个人所得税。
因此，可以根据上述三种不同的处理方法来实施如何支付所得税和个人所得税。
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第三十九条规定：纳税人同时具有税法第二条第二款所列两项或两项以上的收入的，应当计算并计征。单独计算。在中国取得两个或两个以上税收收入的，应按照《税法》第二条的两个或两个以上税收项目，将相同的收入合并计算纳税。附：《税法》第二条第一，第二和第三项中的哪一个具体涉及收入：1.工资收入； （二）个体工商户的生产经营收入； 3.企事业单位合同经营活动和租赁经营活动的收入；国税函[2005] 382号文件规定：非全日制工作人员取得的收入，应按照“劳务收入”的应税项目缴纳个人所得税。提示：如果您从两个地方获得的收入都是工资收入，则应一起纳税。如果您不在另一所学校工作，而仅做临时讲座（兼职），则应根据“劳动收入”分别计算临时工获得的收入（兼职）并征税。并且按规定还应自行申报。附：《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第三十六条有下列情形之一的纳税人，应当按照规定向主管税务机关缴纳税款：（一）年度收入超过12万元； （2）从中国的两个或多个地点获得工资的人； （三）从中国境外取得收入的； （四）没有扣缴义务人取得应纳税所得额的； （五）国务院规定的其他情形。
员工个人税通常在获得收入的地方支付。但是，如果不是在获得收入的地方付款，也可以将其退回进行户口的地方。
国家税务总局关于中国移动税专项检查有关问题的通知（吉函〔2008〕115号），第三条第（九）款，关于派遣员工代扣代缴税款的问题：如果发送方和用人单位均支付工资，并且双方均为扣缴义务人，则应按规定代扣代缴税款，但个人还必须按照规定向主管税务机关申报自纳税声明；
如果只有一方支付工资，则付款方为预扣代理。“付款人的雇主应代扣并缴纳个人收入的个人所得税。
扩展数据
个体工商户的生产和业务收入包括四个方面：
（1）经工商行政管理部门批准可以开业并获得营业执照的城乡个体工商户，从事工业，手工业，建筑业，交通运输，商业，饮食业，服务，维修等行业1.经营所得。
（2）个人在获得有关政府部门的批准，取得营业执照并从事学校运营，医疗，咨询和其他有偿服务活动后获得的收入。
（3）从事个体工商生产经营的其他人取得的收入，是指暂时从事生产经营活动的个人取得的收入。
（4）上述个体工商户和个人获得与生产经营有关的各种应纳税所得额。
企业事业单位的承包经营和租赁经营所得，是指从个体承包经营，租赁经营，分包，转包等业务中取得的收入，包括个人的月薪或月薪收入。