在税收的征收和管理方面，股权转让中的转让人为纳税人，受让人为扣缴义务人。但是，最终的税费持有人应当按照股权转让合同的规定处理，未约定的应当依法处理。
《关于股权转让中核定个人所得税计算基础的公告》（2010年第27号政府公告）规定，自然人转让被投资企业股权（部分）所获得的收入（以下简称“所得税”）作为股权转让）应根据公平交易价格计算，确定税基。如果计税依据明显偏低，没有正当理由，主管税务机关可以采用本公告所列方法进行核实。
如果纳税人再次转让已转让的股权，则股权转让的成本为前次转让的交易价格以及买方承担的相关税费。
1.按“财产转让收入”项目计算2.税率20％股权转让的个人所得税计算公式1.应纳税所得额=财产转让收入-财产发生期间的合理支出的原值转移2.应缴个人所得税=应税所得×20％根据《国家税务总局关于加强股权转让所得个人所得税管理的通知》（国税函〔2009〕285号）1.加强对国家税务总局的评估和审查。股权转让收益的计税依据2.是否遵守独立交易的原则3.参考每股净资产或对应于个人股东所占权益比例的净资产份额，在签署股权后，核实个人股权交易的各方是否有责任转让协议并完成股权转让交易以及企业变更股权登记之前纳税义务或预扣税义务的转让人或受让人，应到主管税务机关办理纳税（预扣）申报，并将转让所得与个人所得税证明或免税或非税证明一并支付。税务机关发行的股本。，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。税务机关应加强对股权转让收益计税基础的评估和审查。应仔细审查扣缴义务人或纳税人申报的股权转让收入的有关信息，以确定股权转让行为是否符合独立交易的原则，是否符合合理的经济行为和实际情况。如果申报的纳税计算基础明显较低（如平价和低价转让等），没有正当理由，主管税务机关可以参照每股净资产或净资产份额进行核实。对应于个人股东享有的股权比例。（1）如果有下列情形之一的个人股东转让股权，地方主管税务机关可以采用批准的方法征收个人所得税：1.股权转让价格低于初始投资成本或收购股权支付的价格2.股权转让价格3.在相同或相似的条件下，同时或近似相同时间低于同一投资公司其他股东的股权转让价格。3.股权转让收益率低于同一期间的银行存款利率期间4.转让价格低于个人股东应享有的被投资企业的转让价格5.股东的股权份额5.具有重大影响力的个人股东转让公司的股权，而公司的土地使用权和建筑物占资产的30％以上。6.转让收入包括非难以估价的货币资产或其他经济利益七，纳税人在接到地方税务主管机关的通知后仍拒绝申报的，（二）根据个人股权转让的不同情况，地方税务主管机关可以采用以下方式核实个人所得税的征收情况1.最近与企业进行的股权转让价格（（但价格明显较低）2.净资产评估份额3。按权益法转让的账面权益份额4.同期定期银行存款的利率5.当地主管税务机关认为合理的其他方法。