是的，只要雇员的月工资收入超过3500元，就应缴纳个人所得税。它与单位支付工资的方式无关。该单位将保留它。
根据《工资支付暂行条例》
第15条用人单位不得扣除劳动者的工资。在下列情况之一中，雇主可以扣留劳动者的工资：
（1）雇主代扣代缴的个人所得税；
（2）用人单位代扣并支付应由工人个人承担的各种社会保险费用；
（3）代扣代缴法院判决和裁定所需的a养费和a养费；
（4）可以从法律法规规定的工人工资中扣除的其他费用。