您好，您可以分别计算两家公司的税款预扣款，然后在年底结算，也可以由一家公司合并并报告，或由员工自己进行合并声明。
用人单位将依法代扣代缴个人所得税。
的税收起征点为3500。个人工资中扣除社会保险和住房公积金支出后的部分超过3500，应缴纳个人所得税