您好，您可以分别计算两家公司的税款预扣款，然后在年底结算，也可以由一家公司合并并报告，或由员工自己进行合并声明。
目前，对于工资收入在两个或两个以上地方的个人，其个人所得税的处理主要有以下文件的规定。
1.《个人所得税法》第8条规定：“个人所得税，以收入为纳税人，支付所得的单位或个人为扣缴义务人。国务院规定的金额，两者从以上获得工资，无扣缴义务人，有国务院规定的其他情形的，由纳税人按照国家规定办理纳税申报。代扣代缴人应当按照国家规定全额代扣代缴。宣言。 “第39条规定：”如果中国有两个或两个以上的地方根据《税法》第2条第1、2和3条获得了收入，则应将相同的收入合并计算税款。 ”
2.《个人所得税自我纳税申报办法》第2条第2款（国税发[2006] 162号）规定：“如果您从中国两个或两个以上的地方赚取工资和薪水， ，税收申报应按照本办法的规定处理。 “第三条第二款规定：”本办法第二条第二至第四种情形的纳税人，应当按照本办法的规定报告其收入。主管税务机关负责处理纳税申报。 “第11条第（1）款规定：”如果您从两个或两个以上的地方获得工资和薪水，则应选择该声明并将其固定在其中一个单位所在的主管税务机关。 ”
根据上述文件的规定，获得工资的两个人应根据规定在其所雇用单位的所在地选择并确定税务机关。工资和薪金所得的个人所得税可以退还。
具体的税收计算方法，请参见《国家税务总局关于印发《关于征收个人所得税若干问题的规定》的通知》（国税发〔1994〕089号）第三条。外商投资企业和外国企业在中国境内外国机构工作的中国人员的工资薪金税规定：
（1）在中国从事外商投资企业，外国企业和外国代理机构工作的中国人员的工资收入，由用人单位和派遣单位分别支付，支付单位应在根据《税法》第8条。代扣代缴个人所得税的规定。根据《税法》第六条第一款第（一）项的规定，纳税人应将扣除法律费用后的全部月薪和工资收入的余额作为应纳税所得额。为了便于收款和管理，如果工资和薪金分别支付给用人单位和派遣单位，则采用由其中一个付款人扣除费用的方法，即只有用人单位才可以扣除费用。在支付工资和薪金时遵守税收法律法规，计算个人所得税的预扣；派遣单位支付的工资不再扣除，适用税率直接全额确定，代扣代缴个人所得税。上述纳税人应当持有两个支付单位提供的原始明细工资，工资单（簿册）和原始纳税凭证，选择并固定在地方税务机关申报月工资和工资收入，并结算工资；工资收入的个人所得税可以退还。申报的具体时限，由省，自治区，直辖市税务局确定。
（2）外商投资企业，外国企业和外国机构在中国向中国员工支付的工资和薪水应全额征税。但是，对于那些可以提供有效合同或相关文件并证明其工资的一部分已按照有关规定移交给派遣（介绍）单位的人，可以扣除实际的付款额，并由个人承担。对他们的余额征收所得税。