根据《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008] 159号）文件：“合伙企业的生产经营收入和其他收入应“税前先分割”的原则。应纳税所得额的计算依据是《财税[2000] 91号）和《财政部，国家税务总局关于个人和合伙企业个人所得税征收的规定》。个体工商户和个体工商户的调整执行《关于所得税扣除标准有关问题的通知》（财税[2008] 65号）的有关规定。
前段所述的生产经营收入和其他收入包括合伙企业分配给所有合伙人的收入以及企业当年保留的收入（利润）。”
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《国家税务总局关于切实加强高收入者个人所得税征收和管理的通知》（国税发〔2011〕50号）规定：个人参股和合伙经营（选票），期货，基金，债券，所有外汇，贵金属，资源开发权和其他投资产品收入应计入生产经营收入，并依法征收个人所得税。
《财政部国家税务总局关于印发〈民营企业和合伙企业投资者个人所得税征收规定〉的通知》（财税〔2000〕91号）：第四条个人独资企业和合伙企业（以下简称企业）扣除成本，费用和亏损后的每个纳税年度的总收入，作为个人投资者的生产和经营收入，按照《个体工商户的生产和经营收入》应纳税所得额个人所得税法，计算和征收个人所得税适用5％至35％的五级超额累进税率。
根据上述文件的规定，可以确定合伙企业的股权转让收入属于合伙企业的生产和经营收入。根据合伙企业的生产经营收入，采用“税前先分割”的原则。根据法律的“个体工商户的生产经营收入”应税项目，适用5％至35％的五级超额累进税率计算个人所得税；对于公司投资者，应按适用的税率缴纳公司所得税。
为了鼓励股权投资合伙企业，有些地方根据“合伙人股权基金中的个别合伙人获得的收入”，征收未进行合伙事务的个人合伙人个人收入的20％。合伙人按照“个体工商户的生产经营所得”，对合伙经营的合伙人征收所得税，累计征收5％至35％的所得税。
例如：“上海市财政局，上海市工商局，国家税务局，地方税务局关于本市股权投资企业的工商登记事项的通知”（上海财政厅通[ [2008] 3）规定：实行有限合伙制企业合伙业务的普通合伙的自然合伙人，根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施规定，按照“个体工商户”的应税项目“生产经营收入”，适用五级超额累进税率-35％税率是通过征收个人所得税来计算的。对不履行有限合伙企业合伙事务的自然人有限合伙人，从有限合伙企业取得的股权投资收益，应当按照《中华人民共和国个人所得税法》及其执行根据“利息，股息，股息收入”的规定对于税项，应按20％的税率计算和缴纳个人所得税。也有一些地方对股权投资合伙企业的自然投资合伙人征收个人所得税，统一税率为20％。
例如：北京的《关于促进股权投资基金业发展的意见》（北京市金融办[2009] 5号）规定：合伙人股权基金中个人合伙人的收益应以“利息，红利，红利”“收入”或“财产转让收入”项应缴纳20％的个人所得税。
并且，随着《国务院关于清理和规范税收优惠政策及其他税收优惠政策的通知》（国发〔2014〕62号）的规定，这些不规范的税收优惠政策将逐步取消，国发〔 2014]第62号各地要全面清理各种现行的税收优惠政策，同时：“未经国务院批准，起草其他法律，法规，规章，发展规划和区域政策的部门不得规定具体的税收优惠政策。政策。”
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