船员的个人所得税算法：船员的薪水为每月预缴税款，在年终后的30天内计算年度工资总收入，然后根据平均12个月计算实际应纳税额补偿。
的计算公式为：
应付税款= [（年薪，薪金收入÷12-费用扣除标准）×税率-快速计算扣除]×12。
这种方法主要用于解决由于采掘业，远洋运输业和远洋捕捞业的季节，生产和其他因素的影响而导致的雇员工资和工资出现较大波动的实际情况。
相关法规：
1.《中华人民共和国个人所得税法》 [2007] 085号第9条规定：特定行业的工资薪金应按年度计算，并按月预缴征收。
2.《个人所得税法实施条例》
第40条《税法》第9条第二款提到的特定产业是指采掘业，海洋运输，海洋渔业以及财政部确定的其他产业。
第41条《税法》第9条第2款提到的税款计算方法是按年计算并按月预缴，是指《税法》第40条所列的特定行业雇员的工资这些规定所得应缴税款应每月预缴。从年底起30天内，汇总年度工资，薪金所得总额，实际应交税额平均为12个月。
3.国家税务总局关于从远洋运输从业人员的工资中扣除个人所得税费用问题的通知国税发〔1999〕202号。