如果这是公司工作性质所必需的体检费用，则不应征收个人医疗所得税；如果是具有福利待遇性质的体检费，则应将其纳入员工的当期工资和薪金收入中，并预扣和支付其个人所得税。
《国家税务总局国家税务总局关于企业工资，薪金和职工薪酬扣除有关问题的通知》（国税函〔2009〕3号）第3条第2款规定：政府发放的各种补贴和非货币性福利，包括企业支付给职工的城外医疗费用，未进行医疗咨询的职工医疗费用，职工直系亲属的医疗补贴，取暖补贴，和防暑费用，员工辛苦补贴，救济费，员工食堂资助，员工交通补贴等。”
因此，每年组织员工进行身体检查属于组织的范围，这可以扣除公司所得税前的员工福利费用（不超过总工资的14％）。
无需扣除个人所得税，可以使用体检发票扣除。
根据《个人所得税法》
第4条以下个人收入免征个人所得税：
1.由省级人民政府，国务院各部委和中国人民解放军上级单位以及外国组织颁发的科学，教育，技术，文化，卫生，体育，环境保护等奖项和国际组织
2.国家债务和国家发行的金融债券的利息；
3.根据国家统一规定发放的补贴和津贴；
4.福利费，退休金和救济金；
五，保险赔偿；
第六，军事服务调动费和遣散费；
7.按照国家统一规定支付给干部和职工的安置费，退休金，退休工资，退休工资和退休生活津贴；
8.各国大使馆，领事官员和其他使馆和领事馆其他人员的收入，应按照中国的有关法律予以免税；
9.中国政府签署的国际公约和协定规定了免税收入；
10.国务院财政部门批准的免税收入。