您好，您可以分别计算两家公司的税款预扣款，然后在年底结算，也可以由一家公司合并并报告，或由员工自己进行合并声明。
个人所得税的主要优惠政策（1）法定免税项目
1.省人民政府，国务院各部委和中国人民解放军之上的单位，以及外国组织均授予科学，教育，技术，文化，卫生，体育，环境保护等奖项。
2.国家债务和国家发行的金融债券利息。这里所说的国债利息，是指持有中华人民共和国财政部发行的债券的个人取得的利息收入；国家发行金融债券的利息，是指经国务院批准持有金融债券的个人利息收入。
3.根据国家统一规定发放的补贴和津贴。依照国家统一规定发行的补贴和津贴，是指国务院提供的免征个人所得税的政府特殊津贴和津贴。中国科学院高级院士和中国工程院高级院士每年免税额为一万元，免征个人所得税。
4.福利费，退休金，救济金。这里所说的福利费，是指企业，事业单位，国家机关和社会团体按照国家有关规定从福利费或工会经费中拨给个人的生活补贴；救济金是指国家民政部门给予个人生活困难补助。
5.保险赔偿。
6.军事转移费和遣散费。
7.根据国家统一规定，应当支付给干部和职工的安置费，辞职费，退休工资，退休工资和退休生活津贴。
（2）临时免税项目
1.外国人以非现金或可扣除形式获得的住房补贴，食品补贴，搬迁费，洗衣费。
2.外国个人根据合理的标准获得的国内外旅行补贴。
3.外国个人获得的家庭探望费，语言培训费，儿童教育费等应作为合理的一部分由地方税务机关审查和批准。可以免征个人所得税的探亲费仅限于外国人在我国工作地点与其家庭所在地（包括配偶或父母的住所）之间的交通费用，且不得超过一年两次。
4.奖励个人举报和调查各种非法和犯罪行为。
5.根据规定获得的个人预扣税程序和预扣费用。
6.个人使用自我转让超过5年，是家庭居住房屋获得的唯一收入。
7.根据《国务院关于高级专家退休若干问题的暂行规定》和《国务院办公厅关于暂缓退休审批问题的通知》的精神高级专家”，已经达到辞职和退休年龄，但这是由于工作需要，适当延长退休和退休年龄的高级专家（指享受国家特殊政府津贴的专家和学者），以及其在长假和退休期间的工资和薪金收入可免于个人所得税。
8.外国个人从外国投资企业获得股息和奖金。
9.所有符合以下条件之一的外国专家都可免除工资和薪金收入的个人所得税：
（1）根据世界银行特别贷款协议，世界银行直接派遣外国专家到中国工作。
（2）联合国组织直接派遣专家在我国工作。
（3）是在中国从事联合国援助项目的专家。
（4）将援助国派往专门为该国无偿援助项目工作的我国专家。
（5）根据两国政府签署的在两年内在中国工作的文化交流计划，专家的薪水和工资应由国家承担。
（6）根据中国高校的国际交流计划，在中国工作不到2年的文化和教育专家应对其薪资负责。
（7）通过非政府科研协议来到中国工作的专家，应对该国政府机构支付的薪水负责。
10.彩票中奖时，一次性中奖收入低于10,000元免税，超过1万元全额纳税。
11.国有企业的雇员因破产而从破产企业获得的一次性安置费收入免税。