个人所得税的特殊额外扣除包括：
纳税人本人，配偶，子女，家属等的个人身份信息，
以及其他与国务院税务部门规定的特殊扣除有关的信息。
特殊附加扣除信息应提交给预扣代理或税务机关，
扣缴义务人应及时向税务机关报告有关信息。
首先，打开预扣客户申报软件的“综合收入申报”界面：综合收入申报-收入和扣除额-正常工资收入选择操作[填写]
其次，导入薪水信息：①单击[导入]-[导入数据]。②选择[生成零工资记录，用户手动修改]后，可以在系统中导入所有已注册的员工信息。
最后，预填写特殊的额外扣除额：选中“我确认需要自动预填充”，然后选择所有人员。完成后，生成一个表格，您可以查看客户端中员工的六种扣除额。右上角还支持导出到EXCEL表。
进入个人所得税申报系统，单击上级系统管理，下拉操作员维护，操作员密码维护。
只有超级用户可以使用此功能，通常不需要更改。
个人所得税申报的简单操作步骤
1.进入个人税收管理系统，输入“登录名”和“密码”
2.个人信息管理→员工信息管理→输入员工信息，股东信息和外国人员信息。
3.工资管理→工资表→数据导入导出等功能→导入人员信息（该操作在上个月进行，可以直接点击“上个月的导入数据”的工资数据）→输入薪水数据→保存→退出
4.付款个人收入管理→正常工资表→数据导入和导出及其他功能→工资数据导入→选择付款月份（不要选择错误的月份）→确定→保存→退出。
5.（发放年金的企业）支付个人收入管理→支付企业年金计划→数据导入和导出等功能→导入人员信息（上个月操作，工资数据可以直接单击“上个月的导入数据”“）→输入薪水数据→选择付款月份（不要选择错误的月份）→确定→保存→退出。
6.（发放年终奖金的企业）支付个人收入管理→支付年度一次性奖金计划（此操作在一个纳税年度只能使用一次）→数据导入和导出及其他功能→正常月薪明细导入→输入一次性奖金金额→保存→退出。
7.支付个人收入管理→支付个人非薪水工资收入时间表→数据导入和导出等功能→人员信息导入→选择“收入项目”→输入非薪水工资→保存→退出。
8.个人所得税管理→个人所得税预扣报告表→重置→保存→退出。
9.个人所得税管理→个人所得税摘要申报表→重置→保存→退出。
10.数据交换→生成报告数据→生成报告数据（单击此按钮后，您无法修改薪水数据）→确定→退出。
11.数据交换→上传和报告数据→连接测试（成功测试后）→输入Internet税系统的用户名和密码→选择批号（确保防病毒软件和防火墙已关闭）→直接上传声明的数据→系统提示成功声明（显示报告日期）→退出。