您的公司作为您的个人所得税预扣代理，在计算您的个人所得税时，您只能根据当月的全部收入扣除基本养老保险金，基本医疗保险金，失业保险金和应支付的住房。以后，公积金的个人部分要交税，而您通过代理公司要缴纳631元的社会保障费。显然，它不能从公司的申报中扣除，因此只能按5,000元至2,000元计算和支付。