主管税务局要求贵公司写一份情况说明书，目的是比较和分析贵公司的工资和薪金总额与已扣留并为个人收入支付的工资和薪金总额税收，以提高个人所得税的征收和管理质量，并规范工资和薪金支出扣除前，消除了不合理的工资薪金扣除。在代扣代缴个人所得税时，代扣代缴个人所得税的现象较少。
因此，贵公司应在以下几个方面进行说明：
1.税前扣除的工资和薪金支出是否已全额扣除个人所得税；
2.是否存在未将个人收入和工资收入计入福利费或其他科目而未预扣个人所得税的情况；
3.税项是否按照企业全体职工平均工资的适用税率计算；以非货币形式支付的工资性收入的收入是否已经依法履行了代扣代缴义务；
4.个人收入是否隐瞒或漏报；企业是否存在非法录用人员，增加的薪资费用等。