如果这是公司工作性质所必需的体检费用，则不应征收个人医疗所得税；如果是具有福利待遇性质的体检费，则应将其纳入员工的当期工资和薪金收入中，并预扣和支付其个人所得税。
对参加单位组织的体检，未领取现金（单位统一缴纳）的员工，不征收个人所得税；以及根据单位的统一规定进行身体检查并提供发票和实际销售的员工。
如果单位不是统一组织体检，而是直接向个人支付体检费，则应将其计入雇员的工资和收入，并应依法计算个人所得税。
无需扣除个人所得税，可以使用体检发票扣除。
根据《个人所得税法》
第4条以下个人收入免征个人所得税：
1.由省级人民政府，国务院各部委和人民解放军上级单位以及国外颁发的科学，教育，技术，文化，卫生，体育，环境保护等奖项组织和国际组织；
2.国家债务和国家发行的金融债券的利息；
3.根据国家统一规定发放的补贴和津贴；
4.福利费，退休金和救济金；
五，保险赔偿；
第六，军事服务调动费和遣散费；
7.按照国家统一规定支付给干部和职工的安置费，退休金，退休工资，退休工资和退休生活津贴；
8.各国大使馆，领事官员和其他使馆和领事馆其他人员的收入，应按照中国的有关法律予以免税；
9.中国政府签署的国际公约和协定规定了免税收入；
10.国务院财政部门批准的免税收入。
《国家税务总局关于企业扣除工资，薪金和职工薪酬的通知》（国税函〔2009〕3号）第三条《职工福利费……扣除职工医疗保健，居住，住房费用的规定》 ，运输等发放的各种补贴和非货币性福利，包括企业支付的商务差旅医疗费用，未实行医疗统筹的职工医疗费用，职工直系亲属医疗补贴，取暖补贴，中暑，凉费等。对于员工，员工困难补助，救济费，职工食堂经费补助，职工交通补助等。
因此，根据上述规定，贵公司应将员工的体检费用计入福利费用中。
对于这部分费用，应代扣代缴个人所得税。
《中华民国个人所得税法实施条例》
“（中华人民共和国国务院第519号法令，2008年第519号规定：《税法》第二条所述个人收入的范围：（1）工资收入工资是指个人的工作或工资，薪金，奖金，年终工资增加，劳动红利，津贴，补贴和与就业或就业相关的其他收入。
第10条规定，个人收入形式包括现金，实物，有价证券和其他形式的经济利益。如果是实物收入，应根据所得凭证上的价格计算应纳税所得额；没有凭证或者凭证上注明的价格明显偏低的，应当参照市场价格核定应纳税所得额。如果所得是有价证券，则应根据票面价值和市场价格核定应纳税所得额。如果收入是其他形式的经济利益，应税收入应参照市场价格确定。