如果采用实际报销的形式，则无需计入工资，而必须计入固定金额或现金支付。
如果单位补贴的电话费和交通费需要缴纳个人所得税，则用发票退还时，一般不用缴纳个人所得税。
根据《财政部关于加强职工福利费财务管理的通知》（财企[2009] 242号）第二条：如果对企业为职工提供的交通，住房和通讯方式进行货币化改造，每月标准发放或支付的住房补贴，交通运输补贴，车辆改造补贴，通讯补贴，应计入职工工资总额，不再纳入职工福利费管理；未实施货币化改革的，企业发生的相关费用作为职工福利费管理。
该单位向个人发放的交通补贴，是按照《国家税务总局关于改革个人用车收入制度获得补贴收入的个人征收个人所得税的通知》国税函〔2006〕245号）：通过车辆制度改革以现金和报销的形式支付给员工的收入，应视为个人从公务车补贴中获得的收入，个人所得税应按“薪金和工资”项目计算。具体计算方法，按照《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》第二条（国税发〔1999〕58号）的有关规定执行。即：由于公务车及通讯制度的改革，个人获得的公务车及通讯补贴的收入，在扣除一定标准的公务费后，按照“工资，薪金所得”计算”。对当月的“工资收入”征收个人所得税；如果不按月支付，则将其分解为自己的月份，并与该月“工资和薪金”的收入相加。
因此，无论交通补贴是否包含在员工福利费的计算中，都必须包含在工资和收入中以缴纳个人所得税