支付给员工的年假工资补贴应缴纳个人所得税。
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困难补贴，救济金，医疗补贴，员工休养费，工伤赔偿费，丧葬费，养老金，独生子女费以及从公司福利费中支付给员工的员工搬迁费均免征个人所得税。
假期补贴，每月午餐费和不带统一餐的企业支付的补贴，货币化住房补贴，交通补贴，汽车改革补贴，通讯补贴不再视为福利支出，应将其包括在工资总额管理中，并应计算个人所得税。
扩展数据
个体工商户的生产经营收入包括四个方面：
（1）经工商行政管理部门批准开办并取得营业执照并从事工业的城乡个体工商户的生产和经营所得，交通，商业，饮食，服务，维修等行业。
（2）个人在获得有关政府部门的批准，取得营业执照并从事学校运营，医疗，咨询和其他有偿服务活动后获得的收入。
（3）从事个体工商生产经营的其他人取得的收入，是指暂时从事生产经营活动的个人取得的收入。
（4）上述个体工商户和个人获得与生产经营有关的各种应纳税所得额。
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（国务院令（2008）519号）第八条：（一）工资性收入是指个人为劳动所得的工资。或就业，薪金，奖金，年终薪金增加，劳动红利，津贴，补贴以及与任用或雇用有关的其他收入。
《财政部和国家税务总局关于基本养老保险费，基本医疗保险费，失业保险费和住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006] No. 10）
允许个人根据州或省（自治区，直辖市）规定的支付比例或措施实际支付的基本养老保险金，基本医疗保险金和失业保险金。从个人应税收入中扣除。企事业单位和个人缴纳的基本养老保险，基本医疗保险和失业保险费超过规定的比例和标准的，将其超出部分计入当期工资和工资收入，并计算个人所得税。
3.个人实际上获得（支出）最初撤回的基本养老保险基金，基本医疗保险基金，失业保险基金和住房公积金，并免征个人所得税。
根据上述规定，个人实际按照国家或省（自治区，直辖市）人民政府规定的支付率或方式支付的基本医疗保险费允许从个人应税收入中扣除。对超过规定比例，标准缴纳额和企业以现金支付的医疗补助费的企事业单位和个人，应当将其并入个人当期工资和工资性收入，并计算个人所得税。发给企业的劳动保险和交通补贴，应视为与就业或就业有关的补贴收入，并计入个人的当期工资和工资性收入，并计算个人所得税。