税务部门一般会考虑根据转让标的的合理价值取得应纳税额，因此可以参考评估报告确定应纳税额。但是，考虑到交易双方之间存在关联关系，可以考虑通过股权支付的形式实施特殊税收待遇并实施税收筹划安排。
变更境外股权，应当从有关费用和股本余额中扣除全部股权交易额，并按10％的税率计算预提企业所得税。
如何确认股权交易金额取决于当地主管税务机关的交易判断和关联方交易的判断等因素。
纳税是公民的义务，避税的操作空间相对较小，但是在政策允许的范围内，应该进行税收筹划以减轻税收负担。对于有限责任公司中自然人股权转让的税收负担，通常采用以下方法；
1.有效利用知识产权和其他无形资产来避税。在转让股权之前，自然人股东将通过以自己的名义持有商标，专利或版权来预先增加公司的资本。由于评估价格是可控的，他们将大大增加自己的权益，这将大大增加他们的权益尽量减少交易税的产生；
2.在股权转让前的某个时间（6个月至一年），通过增加财务安排（例如坏账准备和其他问题）有效地减少了公司的净资产；
3.如果自然人股东仍然持有其他有限责任公司的100％，则他们可以通过商业交易，选择适当的交易和适用的税种来减少股权交易税的产生。
如果外国投资者（实际控制人）间接转让中国居民企业的股权，则转让的境外控股公司所在国家（地区）的实际税负小于12.5％或不征收所得税对于境外居民的收入，适用股权转让合同。自签署之日起30天内，将以下信息提供给被转让的中国居民公司所在地的主管税务机关：（1）股权转让合同或协议； （2）外国投资者及其转让的海外控股公司买卖关系； （三）外国投资者转让的境外控股公司的生产，经营，人员，会计和财产； （四）外国投资者和中国居民企业转移的资金，外资和境外控股公司的投资。经营，购销等关系； （五）外国投资者出于合理的商业目的成立了转移的海外控股公司的声明； （六）税务机关要求提供的其他有关信息。如果
外国投资者（实际控制人）通过滥用组织安排等间接转移了中国居民企业的股权，并且其经营目的不合理，为了避免企业所得税责任，主管税务机关可以审查后向国家税务总局报告根据经济实质对股权转让交易进行重新分类，并否认存在用于税收安排的海外控股公司。