根据《个人所得税法》第六条，在中国居住但在中国工作或受雇于外地谋取工资薪金的个人，应确定1300的额外抵扣额。计算上述应纳税所得额的公式为：
您可以与公司签署协议，表明该项目涵盖运输，机械使用，劳务输出等。这样就可以提供运输发票，但必须加盖公司的印章。
同时，请注意，如果运输是场外运输，则根据税法的规定，必须根据当地税务机关的规定在发生地点付款。