普遍的看法是，合伙企业的所得税负担比公司轻。原因是自然人作为投资者的税收成本存在一定差异。公司企业对公司所得税双重征税，而合伙企业仅对伙伴征收单一所得税。
《合伙企业法》，新的《企业所得税法》和新的《企业所得税法实施条例》都明确规定，国内合伙企业不征收企业所得税。早在2000年9月，财政部和国家税务总局国务院《关于个体工商户和合伙企业所得税征收问题的通知》规定：“个体工商户，合伙企业停止征收企业所得税，仅向其投资者征收个人所得税。营业收入”。自2001年1月1日起，明确实施《独资和合伙企业投资者个人所得税征收条例》。