该公司不能跨地区运营。您在不同地区运营。当然，您必须在每个地方都设置分支机构（应该是分支机构，对吗？子公司是独立法人）。
母公司将土地使用权免费分配给子公司的，通过国有资产管理部门变更程序的，不收取企业所得税；
如果是集团内部的内部资产转让，则应将其视为出售而无需经过国家法定部门的变更程序，其收入应按资产的公允价值和企业所得税确认。应当依法征收。
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1.企业缴纳的税款不得以金钱换取。没有重复征税的事情。您的两家公司可能主要涉及增值税和所得税。增值税由您的增值部分支付。如果您的总部仅转移货物且价格固定，则您无需支付增值税。只能在分行支付增值税。所得税还取决于您公司的利润。
2.可以转移。只要有实物交易或劳务交易。