除非另一方承认，否则副本不能作为仲裁裁决的依据。如果您无法提供原件，则可以提供证明当时已将分居申请交付给雇主的证据，并要求仲裁委员会将举证责任分配给雇主。
根据您描述的情况，您的经济补偿要求很可能无法得到支持。