1.如果是房地产项目，则不能扣除铝合金门窗开具的增值税专用发票。
2.铝合金门窗是建筑物或构筑物的附属物，根据《增值税暂行条例》的规定不可抵扣。
3.《中华人民共和国增值税暂行条例》实施细则：《条例》第二十三条第二十三条第一款和本细则所称非增值税应税项目，是指提供非增值税应税劳务，无形资产转让，房地产销售和在建房地产的建设。
前款所指的房地产是指在搬迁后无法移动或将引起性质或形状变化的财产，包括建筑物，构筑物和其他土地附属物。
纳税人的新建，改建，扩建，维修，装修房地产都是在建房地产。