根据规定，总部应当与分支机构一起纳税。
这部分内容主要取决于您的意愿和税务机关的要求。
您应该一起纳税。
经税务局批准，所有在异地设有分支机构的企业均可在总公司进行所得税结算
相关规定如下
总公司和分支机构应分别在几个月或季度内向当地主管税务机关申报公司所得税的预付款。在缴纳所得税额之后，在当年本地分期预算中扣除总公司和分支机构缴纳的企业所得税后，将获得更多的退税。
国家税务总局关于规范企业所得税合并和合并的通知
Guo Shui Han [2006] 48号
省，自治区，中央直辖市以及计划分立的城市的国家税务局和地方税务局：
1.严格执行税收征管的有关规定。根据现行规定，集体缴纳企业所得税必须经国家税务总局批准。各级税务机关必须严格执行税收征管的有关规定，不得超过其权限。超过审查和批准总纳税额或扩大总纳税额范围的人员，必须予以纠正。
其次，下列企业可以按照规定申请税收：
（1）国务院确定的120个大型试点企业集团；
（2）经国务院批准实施试点企业集团政策和累计纳税政策的企业集团；
（3）《中华人民共和国企业所得税暂行规定》及其实施细则，适用于铁路运营，民航运输，邮政，电信企业和金融保险公司（包括证券和其他非银行业务）金融机构）
（4）进行文化体制改革的试点企业集团；
（5）对纳税企业进行改制改造后的集团化生存企业进行总结。
3.非独立会计分支机构应按照《中华人民共和国企业所得税暂行条例》及其实施细则的有关规定，在会计地点统一缴纳税款。会计地点发生争议的，应当根据情况处理：
（1）如果总部都在一个省内，则省税务机关应指定纳税申报单的位置；
（2）如果分支机构跨省市，国家税务总局应指定纳税申报单的位置。