物流公司应注意扣除经营租赁货车的燃料成本的进项税。
无法从销项税中扣除的项目包括：
（1）用于税收计算项目，非增值税应税项目，增值税免税项目，集体福利或购买商品的个人消费，接受简化税法下的加工，维修和更换服务或应税服务。
（2）异常地丢失了购买的商品以及相关的加工，维修和保养服务以及运输服务。
（3）所购商品（固定资产除外），产品和制成品中使用的加工，维修和更换服务或运输服务的异常损失。
（4）接受客运服务。可以看出，如果物流公司经营的是租用的货运车来承担燃料成本，则支付给燃料成本的进项税是从经营活动中的卖方那里获得的，不在扣除范围之内，因此扣除被允许。
问：我们是一家专业的运输和装卸企业。由于我们不符合自行开具的运输发票的条件，因此，如果另一方要求在运输业务期间开具运输发票，则我们将按照规定的程序向主管税务机关申请开具运输发票。我想问一问：税务机关评估我公司根据总收入的6％的应纳税所得额来计算和征收企业所得税。发票按3.3％收取。我公司将普通发票和运输发票的收入合并后，按应纳税所得额的6％计算应交纳的月度所得税，再减去开具发票时应缴纳的企业所得税，并按区别。但是，税务机关不允许我们在申报发票时扣除已缴纳的企业所得税。他们说，根据国家税务总局的规定，被评估征收的企业不得扣除。我们认为，国税发〔2004〕88号所称的免赔额，是指对企业定期征收固定税额，年终未清算的企业，而不是对企业所得税征收的企业。批准的应税收入率收集方法。因为年度结算和清算政策明确规定：采用两种收集方式进行审计收集和应税收入核算的企业必须进行结算。如果在开票时已缴税，则不允许扣除。如何对这部分运输发票的收入进行年度申报，如何处理专业运输公司的两种税率？对于以总收入为基础征收企业所得税的企业，可以正确计算收入。专业运输公司为何不能扣除为运输发票支付的所得税？如果没有扣除额，该如何填写公司的年度纳税申报表？如何填写适用的税率？答：关于发货发票的问题。国税发[2004] 88号《国税发》规定，纳税人代表发票管理的所有单位和个人（包括外商投资企业，特区企业和其他单位和个人），应按规定缴纳营业税。运费应代发对于商业发票，将按发票金额的3％征收营业税，对城市建设税的征收比例为营业税税额的7％，对教育附加费的征收标准为营业税额的3％。同时，所得税按发票金额的3.3％预征收，税前所得税于年底清算。但是，如果纳税人代表发票执行批准的企业所得税征收方法，则年底将不进行所得税清算。因此，如果您的单位采用批准的企业所得税征收方法，则年底将不进行所得税清算。目前，税务机关仅对个体工商户采用定期固定税率征收企业所得税。因此，当公司纳税人提前缴纳税款或在年末还清时，应填写“预付税单（B类）”应在规定的纳税申报期限内提交给主管税务机关。《企业所得税核查征收办法》规定，符合税收征收条件的纳税人应当及时调整征收方式，实行税收征收。因此，如果您的单位对税务机关确定的税法，批准的所得税金额或应税所得率有异议，则应提供合法有效的相关证据。税务机关经审核确认后，对异议进行调整。