是的，具有不同法人资格的公司应分别缴纳企业所得税，除非总公司只有经税务局批准才能共同缴纳
根据国家税务总局关于企业合并和业务划分有关所得税问题的通知（国税发〔2000〕119号），企业合并业务的所得税应按照具体的业务处理方法处理。组合。
（1）对于企业合并，在正常情况下，合并企业应被视为以公允价值转移和处置所有资产，计算资产的转移收入，并依法缴纳所得税。合并企业上年度的亏损不结转至合并企业。合并企业接受合并企业的相关资产，其成本可以根据计算税项时评估确定的价值确定。合并企业的股东应当取得合并企业的股权进行清算和分配。
合并企业和合并企业出于合并目的从股东手中回购了公司的股份。回购价格与发行价格之间的差额，视为股票转让的收益或损失。
（2）在合并企业向合并企业或其股东支付的购买价中，合并企业的现金，有价证券及其他资产（以下简称非权益支付款）除外。权益不得超过付款额。对于股权名义坐标的20％（或已付股本的账面价值），经税务机关确认确认后，当事人可以选择按照下列规定进行所得税处理：
①合并后的企业未确认全部资产的转让收入或损失，也不计算所得税。合并企业合并前的一切企业所得税纳税事项，由合并企业承担。如果前一年的亏损不超过法定赔偿期限，则合并后的企业可以继续按照规定弥补与合并后一年的资产相关的收益。根据以下公式计算：可以在纳税年度弥补合并企业亏损的收入金额=在纳税年度未补偿亏损之前的合并企业的收入×合并后企业净资产值÷合并后合并后企业净资产总额公允价值）。
②合并企业的股东将原合并企业持有的股份（以下简称旧股）换成合并企业的权益（以下简称新股）。合并公司股东换取新股的成本必须根据其持有的旧股成本确定。合并后企业股东没有交换新股而获得的全部非股利支付，应视为其持有的旧股的转让收益，财产转让的收益或损失应当按照合并后的收益进行计算和确认。规定，并依法缴纳所得税。
③合并企业接受合并企业全部资产的应纳税所得额，以合并企业原账面净值为基础确定。
（3）下属企业通过交换普通股实现业务合并，必须遵守独立企业之间的公平交易原则；否则会影响企业的应税收入，
税务机关有权进行调整。
（4）如果合并企业的资产和负债基本相等，即净资产几乎为零，则合并企业通过吸收合并企业的所有债务来实现吸收和合并，并且不认为合并后的企业按公允价值转让1.处置所有资产，而不计算资产的转移收益。合并企业接受合并企业全部资产的成本，以合并企业原账面净值为基础确定。合并企业的股东被视为免费放弃所持有的旧股。
财政部，国家税务总局关于企业改制业务处理企业所得税若干问题的通知（财税〔2009〕59号）：
第三，公司重组的税务处理部门通用税务处理法规和特殊税务处理法规分别适用不同的条件。
4.对于公司重组，除遵守适用于本通知规定的特殊税收处理规定外，应按照以下规定进行税收处理（一般税收处理）：
（1）如果企业从法人转变为独资，合伙或其他非法人组织，或者注册地点移至中华人民共和国（包括香港，澳门）以外和台湾），则应视为清算和分销企业股东对建立新企业进行了再投资。所有公司资产和股东投资的税基应根据公允价值确定。
如果仅更改企业的任何法律形式，则可以直接更改税务注册。除另有规定外，变更后企业应继承有关企业所得税的纳税事项（包括损失和结转，税收优惠和其他权利义务），但居住变更不符合税收优惠政策的除外。
（2）对于公司债务重组，应按照以下规定处理关联交易：
2.发生债转股时，应将其分解为债务清算和股权投资，并应确认相关的债务清算损益。
3.债务人应根据所支付的债务清算金额低于债务税基的差额确认债务重组的收入；债权人应根据债务税计算基数以下收到的债务清算额的差额确认债务重组损失。
4.原则上，债务人的相关所得税支付事宜保持不变。
（3）企业股权购置，资产购置和重组交易，应当按照下列规定处理关联交易：
1.被收购方应确认股权和资产转让的损益。
2.收购方收购股权或资产的税基应按公允价值确定。
3.被收购企业的有关所得税事项原则上保持不变。
（4）对于企业合并，当事人应遵守以下规定：
1.合并企业应根据其公允价值确定接受合并企业资产和负债的计税基础。
2.合并后的企业及其股东应按照清算的规定进行所得税处理。
3.合并企业的损失不得在合并企业中结转。
（五）为使企业分离，当事各方应处理以下规定：
1.分立企业应当按照分立资产的公允价值确认资产转移损益。
2.分立企业应确认以公允价值计量的资产的计税基础。
3.分割后的企业继续存在时，其股东获得的对价应视为分割后的企业所分配的对价。
4.当拆分企业不复存在时，拆分企业及其股东应按照清算的规定进行所得税处理。
5.与企业分离有关的损失不得结转以弥补彼此。
第五，如果企业重组同时满足以下条件，则适用特殊税收待遇规定：
（1）具有合理的商业目的，并不旨在减少，免除或推迟缴税。
（2）被收购，合并或拆分部分的资产或权益比例符合本通知中指定的比例。
（3）重组资产的原始实质性业务活动在企业重组后的连续12个月内不得更改。
（4）重组交易对价中涉及的股本支付金额符合本通知中指定的比例。
（5）在企业重组期间获得股权支付的原始主要股东，不得在重组后的连续12个月内转让所购股权。