根据国家税务总局《关于印发《企业所得税清算和支付管理办法》的通知》（国税发〔2009〕79号）第十三条的规定，实行跨区域纳税人。集体缴纳企业所得税的作业应当统一总公司应纳税所得额和应纳所得税额的计算，应当依照上述规定，在清算和支付期间，与当地主管税务机关办理年度企业所得税申报；进行付款结算。分行不得进行结汇，应向总行所在地的主管税务机关报告分支机构的营业收入和支出，然后再向总行汇报。总部应将分支机构及其分支机构的营业收入和支出包括在总部的最终账目中，并向分支机构所在地的主管税务机关报告。
国家税务总局关于印发《跨区域营业税金征收企业所得税管理办法》的公告（国家税务总局2012年第57号）第10条规定：从今年年底起5个月内，总公司应计算企业的年度应纳税所得额，减去总公司及各分支机构预先缴纳的税款，计算应退税额，并按照规定的分摊方式计算总公司及分支机构在这些措施中企业所得税应交纳的企业所得税，应分别由总行和分行退还。
如果纳税人在纳税年度内预付的企业所得税少于全年应缴纳的企业所得税，则总公司和分支机构应在结算期间分别清算应缴纳的企业所得税预付税款超过应纳税额的，主管税务机关应当分别按照有关规定或者经总公司，分支机构批准及时办理退税，以抵销其在下次应纳的企业所得税。年。
因此，从2013年企业所得税的清算和支付开始，跨地区分支机构的税收部门还必须参与清算和支付，并参与可退还的税款的分配，这与原始的政策。。从以上规定可以看出，最终结算和结算的主体仍是总公司，分支机构无需进行年度税收调整，自行计算应纳税所得额和应纳税额，仅需支付根据总公司填写的分配表退税应当场进行。为了确保汇款工作的顺利进行，分行还必须填写年度纳税申报表，但只需要填写数量有限的项目，这完全是具有年度纳税申报表的两个概念。总公司同时，为了促进现场税务检查的实施，分支机构还必须提交参与公司年度税收调整的说明。您可以参考公司所得税年度纳税申报表附件中“税收调整项目清单”中列出的项目。该声明在总部确认后提交。对于总行需要统一计算和调整的项目，不再赘述。
除提交公司所得税的年度纳税申报表（仅列出了某些项目）外，分支机构还应提交主管税务机关接受的纳税企业分支机构的汇总所得税分配表在总部所在地和分支机构的年份财务报表（或年度财务状况以及业务收入和支出）的说明以及分支机构参与企业年度税收调整的情况。
经营跨地区收税企业的分支机构在2013年及以后进行纳税申报时，应临时使用“国家税务总局签发的《中华人民共和国企业所得税月度（季度）预缴税款》”。年份。关于中华人民共和国年度纳税申报单的均等声明公告（国家税务总局2011年第64号公告），格式为“中华人民共和国每月（每季度）每月季度企业所得税申报表（A类）”中国。分支机构在办理年度所得税返还（返点）税时，还应提交《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》。