有必要区分法人股东和自然人股东。公司股东溢价计入资本公积。
如果是公司性质的转让，则必须缴纳公司所得税；如果是个人，则必须缴纳个人所得税，但是在二级市场买卖股票时又怎能不缴纳个人所得税呢？
股份转让个人所得税管理办法（试行）（国家税务总局2014年第67号公告）第三章股份原始价值的确认第十五条股份个人转让的原始价值应当按照使用以下方法：
（1）对于以现金出资方式取得的股权，应当以实际支付的价款以及与股权收购直接相关的合理税费之和确认股权的原始价值；
（2）对于通过非货币性资产出资取得的股权，应当按照非货币性资产价格和与股权直接相关的合理税费之和确认股权的原始价值。在投资批准或税务机关批准时获得；
（3）如果股权是通过自由转让取得的，并且符合本办法第十三条第二项所列的情况，则应确认为取得股权所产生的合理税费之和。和原始持有人权益的原始价值原始权益价值；
（4）被投资企业将资本公积，盈余公积，未分配利润转换为股本，个人股东依法缴纳了个人所得税，新增加的金额以转换后的金额与相关税费股本中权益的原始价值；
（5）除上述情况外，主管税务机关应根据避免重复征收个人所得税的原则合理确认权益的原始价值。
股票溢价税的转让人是个人。
对于个人股权转让，股权转让收入减去股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按照“财产转让收入”缴纳个人所得税。
例如：
如果上市公司的实收资本为人民币3000万元，资本公积为人民币5000万元，未分配利润为人民币100万元，则由甲公司向乙公司转让的500万元股份享有该股份的6％。公司的股份。如何计算所得税？
答案：A的权益为500万元人民币。如果以400万元的价格转让给乙方，则为贴现转让；如果以600万元转让给乙方，则是溢价转让，超过500万元。也就是说，100万元，A必须按20％（100 * 20％= 200,000）缴纳个人所得税。
扩展配置文件：
股权转让的时间：
时间因地而异。股权变更后，必须更改营业执照，机构代码，国家税和地方税。如果还有其他特殊批准，则还必须更改或提交。
通常情况下，由工商局提交的信息变更后，有7个工作日出许可证（在珠海深圳最快的1个工作日）在全国3个工作日（表示1个工作日）内更改组织代码证书税和地方税可以在提交更改的信息时颁发证书。因此，最慢的是10个工作日。
股东转让股权：
1.通常，不需要公告。股东将股权转让给股东以外的其他人，应获得一半以上的其他股东的批准。
2.股东应以书面形式将其股权转让事宜通知其他股东。其他股东自收到书面通知之日起三十日内未答复的，视为同意转让。
3.如果超过一半的其他股东不同意转让，则不同意的股东应购买转让的股权；如果他们不购买，则应视为已同意转让。
4.在相同条件下，其他股东有权购买经股东同意的转让股权。
5.如果两个或两个以上的股东声称行使优先购买权，请协商确定各自的购买比例；协商不成的，优先权在转让时按照各自的出资额行使。
股权转让的好处：
1.中国现行法律规定，当机构的持股比例达到在国外发行的股份的30％时，应发出收购要约，因为证监会会鼓励此类收购并免除其承担的义务。强制收购要约无需承担全面的收购义务即可轻松持有上市公司30％以上的股权，从而大大降低了收购成本。
2.由于中国境内相同股票的价格不同，国有股和法人股的股价低于流通市场价，从而降低了并购成本；通过协议获得非流通公众股份，不仅可以达到并购的目的，而且可以获得“价格租金”。
参考：税务局-“股票转让个人所得税管理办法（试行）”