其中，在每月季度申报企业所得税时，应将实地项目部门缴纳的税款填入SD003的第14行中的特定业务预提税中。
如果在预付款时未填写特定的业务预收款，则在主表的第32行自动带出的预付款税额将不包含在年度纳税结算和付款中，您需要在声明之前与主管税务机关联系以更正报告或将其保留在预付款帐户中。
根据国税函[2010] 156号《关于跨区域建筑施工企业所得税征收管理问题的通知》，建设企业总公司直属的跨区域项目部应按建筑工程企业总建实际营业收入总公司或每季度按季度将公司所得税预分配给项目所在地，项目部门应提前向当地主管税务机关缴纳。
建筑企业总公司应按照下列方法计算企业应缴纳的所得税总额并预缴：
（1）如果总部只有一个跨地区的项目部门，则在扣除项目部门预付的企业所得税后，将根据其余额当场支付；
（2）总部只有两个分支机构的，应按照国税发[2008] 28号的规定计算总部和分支机构的应纳税额；
（3）如果总公司既有跨地区项目部门直接管理，又有跨地区二级分支机构，则应先扣除项目部门预缴的企业所得税，然后按照国税[2008] 28号文件编号规定了总公司和分支机构应缴税款的计算方式。
文件进一步规定，建筑企业总部应按有关规定办理企业所得税的年度结算和清算，分支机构和项目部门不得进行结算。当总部的年终最终所得税的支付额少于预付税额时，总部的税务机关应对退税额进行处理或扣除下一年应缴纳的企业所得税。
根据2010年第2号公告，《关于跨区域建筑施工企业所得税的征收和管理问题》：
1.本市其他省市的建筑业企业设立的项目部门（包括二级分公司管理的项目部门）可以提供由主管税务机关签发的《对外经营活动税收管理证书》。总部所在地的机关总公司出具的证明文件，证明项目部门属于总公司或二级分支机构管理部门的证明文件，应按发票金额的0.2％缴纳企业所得税。
在我市经营和设立分支机构的其他省市的建筑企业，只要符合二级分支机构的要求，并可以提供“企业所得税汇总税科分配表”，申报并缴纳企业所得税在注册地区或县的税务机关。
2.我市其他省市的建筑业企业设立的项目部门（包括第二级以下分支机构管理的项目部门）不能提供主管部门出具的《对外经营活动税收管理证书》。总公司所在地的税务机关。或总公司出具项目部属于总公司或二级分支机构的证明文件，应当以独立纳税人的名义现场缴纳企业所得税，并按8％的应纳税所得额缴纳。截至2011年4月1日的发票金额企业所得税是按发票金额的2％缴纳企业所得税。
在我市经营和设立分支机构的其他省市的建筑企业不符合二级分支机构的要求；尽管它们满足二级分支机构的要求，但是它们不能提供“企业所得税汇总税收分支机构分配表”。从2011年4月1日起，将按发票金额的8％（即发票金额的2％）的应纳税所得额缴纳企业所得税。