小型和微型企业直接免征的增值税不需要作为收入的所得税。增值税是与收入无关的额外价格税。
问题1：公司所得税是先按应税收入计算，然后再乘以税率，而不是逐项列出，因此按12.5％的税率缴纳；问题2：直接免税的增值税已包含在补贴收入中，并已包含在应税收入中该款项按12.5％的比率支付；问题3：在减半期间，如果税务机关检测到所得税，则为12.5％。
根据《财政部国家税务总局关于减免企业所得税和征收营业税的通知》（财税[1994] 74号），减免增值税。关于企业（征费后退还）除国务院，财政部，国家税务总局指定用途的项目外，应当纳入企业利润，并按规定征收企业所得税。直接减少，免征和立即提取的，应当对当年企业利润征收企业所得税。
因此，应将企业直接免征的增值税纳入企业当年利润中，以缴纳企业所得税。根据《关于减少和减少流转税的会计处理办法的通知》（财会字[1995] 6号），对直接减值的增值税，应在应交税金中扣除应交增值税（减税）。帐户，将补贴收入帐户记入贷方，并在应交增值税清单中已支付的税项下添加减税和免税项目（第8行），以反映企业根据法规规定的减税和免税项目。填写增值税帐户的记录。
楼上引用监管文件的方式非常不合适。如果您听从他的话，将会带来税收风险。
他引用了“财税[2008] 151号”文件，仅对中间部分，正面和背面进行了解释。
财政资金确实包括“增值税的直接抵扣以及立即征收并退还，先征收然后再征收，再征收再退还的各种税款”，但不包括“出口退税”由企业按照规定取得。因此，出口退税必须征收所得税。
所谓的财政资金是非应税收入，并且受到限制：
A.在国家投资和使用资金后需要返还的本金，在企业获得本金时无需缴纳所得税；企业取得的其他形式的金融资本投资，应当缴纳所得税；
B.预算管理中包括的对组织和社会组织的财政拨款补贴；
C.国务院财税部门规定的“特殊目的”并经国务院批准的财政资金。（注：是特殊用途，未指定特殊用途或未将退税用于特殊用途，不属于免税范围）
税务局根据不同行业明确规定了所谓的特殊用途，您可以参考其他监管文件。
例如，如上所述，软件公司的增值税退税专用于研究和开发，不收取企业所得税；对于核电公司，特殊的增值税退税用于偿还本金和利息。公司所得税;也有开采煤层气的公司，等等。
未用于特殊目的的退税应缴纳所得税。并非所有退税都不征税。
再举一个例子，根据财税[2007] 92号文件，为残疾人提供住宿的企业可以有条件征收或退还增值税，或降低营业税。
但是，根据财税[2008] 1号第5条的规定，除部分文件外，其他在2008年1月1日之前实施的企业所得税优惠政策将被废止。各地区，各部门不得超过制定企业所得税优惠政策的权限。
因此，这项优惠政策不见了。自2008年1月1日起，退税将被征税。
财税[2008] 151号文件的具体内容应为：
“ ...
1.财政资金
（1）企业获得的各种金融资金，应包括在该年度的企业总收入中，但国家使用该金融资金后要求本金返还的除外。 。
（2）企业获得国务院财政税务部门指定并经国务院批准的特殊用途的财务资金，被批准为非应税收入，并在计算该收入时从总收入中扣除应纳税所得额。
（3）预算管理中包括的机构，社会组织和其他组织，根据批准的预算和资金报告关系，批准财务部门或上级单位分配的财政补贴收入为免税项目收入。计算应纳税所得额时，应从收入总额中扣除，除非国务院和国务院财政税务部门另有规定。
......“